台北市長當選人柯文哲在整個遴選市府團隊成員過程，引起各種爭議，其中參與遴選過程的大老們未坦白圈定人選內情，讓柯團隊背了黑鍋，對此，柯文哲說，「雖然還是有一些邪惡的力量，不是那麼好，但是最後出來的結果，天佑台灣」。他不否認因為某些遴選委員的選擇性說法，讓他很氣悶，他說，這時就只能把前總統李登輝送給他的6字箴言念一遍，「謙卑、冷靜、忍耐」，他忍不住自我解嘲說，「李登輝送我的6字箴言，還沒上任就要開始用了。」
不過，柯文哲對於遴選後組成的市府團隊組合則深具信心，「越輕鬆效果越差，果實要辛苦工作才有收穫，所以我相信，我們在組成過程雖然很花力氣，可能會比很輕鬆組織團隊的效果好。」
「遴選也是在做實驗，所以有人說柯文哲把整個台北市當實驗室，但不嘗試永遠不知道什麼是比較好的」。柯文哲說，他已經和團隊成員討論要重擬遴選委員會規定，還要再修，下一次就會有明確規定。
他進一步表示，這次讓各局處的遴選委員會自訂辦法，才會讓各局處首長的產生方式變得那麼複雜，「所以大家會覺得很奇怪，柯文哲真的把每個局處用不同方法在摸索，為什麼做這麼複雜的事？這是我照一個科學家的個性，台北市可以勇於嘗試各種方式」。
專業互補 柯P非常滿意團隊成員
「雖然遴選制度看起來風風雨雨，但對於選出來的人選我還是持正面的態度，因為選出來的局長，我還是相當滿意，有專業性也兼顧團隊性，最後有市政小組投票，也考慮到任務需求」。他說，在決定文化局長和副市長時，就有想到世大運和設計之都，所以找了倪重華和莊淑芬，整個團隊成員產生過程，很重要的，「專業性的由遴選委員會決定，市政小組則是最後確認他的團隊性，跟現有的團隊能夠合作，最後要考慮市府的需要，是任務導向，像副市長人選林欽榮，就是因為他未來要做都更」。
柯文哲說，「過程是辛苦，但選出來的團隊人員應該更符合將來整個台北市政府的需要，所以我還是持正面態度，會修正並繼續實施，把遴選制度再修一遍」。
他強調，文化局長人選沒有辦法讓所有人滿意，在長官心中有整體的藍圖，會發揮每個人的優點，讓缺點降到最低」。像林欽榮，他也知道人家給林取的外號叫「小霸王」，很強勢、急躁，但「我們知道他是我們需要的，所以我們又找一個穩重型的鄧家基，做煞車功能，讓一個團隊合起來發揮最大戰鬥值」；又如社會局長許立民確定後，又找了有社福背景的王幼玲來擔任機要職，做第二線的後援系統。
堅持信念：在堅持中做最小的妥協
「請大家不要低估柯文哲的智商！」他說，有一位政治前輩對他說，「所謂政治就是在妥協當中尋求一點點的正義，我跟他講不對，我的政治信念是，政治應該是在堅持信念當中做最小且必要的妥協」。他說，「我開會時常常這樣，我先出牌，要大家反對的舉手，大家開始表達，我當然會妥協，但是最小且必要的妥協，所以後來發現其實妥協的也不多，只做小小的妥協」。
「相對於我在台大醫院加護病房的生活，這都太輕鬆了，當年是一個疏忽就是一條性命的死亡，如果病人意外死亡你還要去跟家屬解釋。醫學很複雜，醫學雖然是科學，但是有很多社會性和人性在裡面，特別是急診和外科加護病房，每天都在生離死別」，因此對於職場身分的轉換，柯文哲並無太大的困擾。
「我這種生活已經過了20幾年，所以我選完後幾乎每天都在工作，都沒有休息，我的團隊成員都快抓狂了，他們有輪班，我都沒有輪班，這裡面只有我是從頭打到尾都沒有輪班。我20幾年來都過這種生活，習慣了。」
對於市府團隊組成，柯文哲深具信心，他相信自己擔任市長，「不是孤獨的王，而是如臂使指，對我的團隊相當有信心！」
