餿水油事件爆發屆滿一個月，衛福部長邱文達3日晚間舉行記者會，表示市面上已找不到不合格油品、違法業者也已被起訴，他信守承諾，主動請辭以示負責。他並證實，已向行政院長江宜樺提出辭呈，「手續在進行中，已經差不多了」。
江宜樺則於邱文達記者會後3個小時批准辭呈。行政院發言人孫立群表示，邱文達曾多次請辭，並於違法業者被起訴後正式提出書面辭呈，江宜樺在3日中午與邱文達懇談後，於晚間准其請辭，衛福部部長乙職由政務次長林奏延暫代。
江宜樺3日上午在立法院公開表示，最快在5日前公佈餿水油事件懲處名單。幾個小時候，邱文達即向藍營立委透露，將舉行記者會公開請辭。
3日晚間，邱文達在衛福部記者會中發表聲明表示，目前在架上已經找不到不合格豬油產品，違法業者已被起訴，這一波食安事件應已暫告一段落，他信守「絕不戀棧、一定負責任把事件處理完」的承諾，決定主動請辭，回歸神經外科的臨床及醫學教育。
在答覆媒體詢問時，邱文達對近來外界批評其戀棧表示不能認同。他強調，自己的心情非常坦然平靜，早在餿水油事件發生時就有請辭負責的念頭，但政府團隊認為他應該要先將事情解決，因此他決定負起責任，等到事件解決才提出辭呈。
至於江宜樺是否准辭？邱文達證實，「目前手續正在進行，已經差不多了」。對於自己任內歷經多次食安事件，邱文達坦承，上次大統油品摻銅葉綠素時就有請辭想法，「這次有這個機會，沒有什麼特別原因，時間也差不多了，我也做得夠久了」，因此決定請辭。
在辭職聲明中，邱文達首先對食安事件造成民眾心理不安表達歉意，其次便細數他在衛生署及衛福部任內推動衛生與福利整合、實施二代健保等多項政績，更強調自己已完成上任時所宣示「行公義、好憐憫」的施政理念。此外，邱文達也不忘感謝馬英九總統及江宜樺等長官的支持。
