馬英九總統28日首度對前陸委會副主委張顯耀涉洩密案發表立場，一方面強調依法必須對張顯耀無罪推定，一方面又將兩岸關係比喻為大樹，暗批張顯耀為「害蟲」。馬英九說，一旦在樹上發現害蟲，就要用啄木鳥的態度把它除掉，而兩岸關係也不會因一個害蟲就受到影響。
馬英九28日與媒體茶敘，並首度對張顯耀案公開表達立場。對於外界質疑此案對岸關係造成衝擊，馬英九說，兩岸關係像大樹一樣，從樹苗長成大樹，需要園丁澆水、施肥才能長大；一旦在樹上發現「害蟲」，一定要以啄木鳥的態度去找出害蟲並除掉，這棵樹才能正常發展。他同時強調，「兩岸關係不會因為一個害蟲而發展不下去」，但一旦發現就不能忽視，大家應以正確的態度來看待這件事。
馬英九強調，自他6年前上任後，已經一步步地制度化、常態化，不會受到此事件而受到影響；兩岸相關的聯繫和協商都還在進行，因此也認為陸委會主委王郁琦沒有必要去職，因為「他到目前為止，做的都是正確的」。
對於民進黨主席蔡英文要求馬英九為拔擢張顯耀向全國道歉，馬英九又改採不同說法，直指蔡英文「把程序弄反了」，因為任何刑事程序中都應推定無罪，到現為止，政府一直說張顯耀只是涉嫌，沒有人說他已經犯罪；案件還在進行調查，結果尚未出來就要誰道歉或承認犯錯，「覺得蠻奇怪的」。
馬英九說，此事一定要等到真相水落石出之後，才能確定是誰有沒有犯錯，「蔡主席可能說得太早了」，學法律的都要重視人權，在被證明犯罪之前都是無罪的，但有涉嫌就應該要去調查，讓真相大白。
