他坦言吳廷琰統治的時代，是越南共和國成立以來日子過得最為穩定的一段時間，除了盡好自己公務員的義務外，就是每年「一二三自由日」、國父逝世紀念日、雙十節或者國父誕辰紀念日的時候舉辦升旗活動。後來王昇將軍應吳廷琰總統之邀，從台灣派遣中華民國駐越軍事顧問團進駐西貢，也是由黃瑾瑜充當中越兩邊的翻譯工作。
直到1963年11月2日，吳廷琰總統在阮慶和楊文明發動的軍事政變中遭到暗殺，南越的局勢突然急轉直下。黃瑾瑜表示自吳廷琰身亡後，大家都再也沒有安穩的日子可以過了，因為取代吳廷琰執政的楊文明，沒過多久又被他的同志阮慶趕下台。然後阮慶的軍人政府，又在1965年被另外一場由越南國民黨人陳善謙發動的軍事政變推翻。
取代阮慶上台的阮文紹將軍，實際上只是軍人執政團推舉出來的傀儡，整體而言已經壓制不住南越分崩離析的局勢。胡志明利用這個亂局，派遣北越正規軍繞道經由寮國與柬埔寨國界進入越南南方，大力扶持簡稱「越共」的南越民族解放陣線反抗西貢政府。「越共」訓練的殺手，更是大量混入西貢，誅殺一切他們認為擁護越南政府的對象，尤其是支持中華民國的反共僑領。
據曾經擔任中華民國駐越軍事顧問團民運組上校組長的徐芳櫨回憶，與黃瑾瑜同樣畢業自陸軍官校17期的廣東海南同鄉會公立小學校長葉文，就在1967年10月3日於堤岸遭越共暴徒殺害。越南橋社從此不再安全，也迫使黃瑾瑜必須採取新的政策來回應，那就是將村子裡的青壯年召集起來，組織中華民國駐越南各中央單位自衛隊回擊越共。
自衛隊的武器主要來自於法軍或者日軍遺留下來的槍械，也有少數是經由台北運送到西貢給黃瑾瑜，幹部則由打過抗戰或者內戰的老兵出任。他們的戰鬥力十分頑強，強到1968年北越對南越發動農曆春節攻勢的時候，越共都不敢隨便招惹堤岸的華人。防治越共騷擾無辜僑胞，是黃瑾瑜在南越服務感到最有成就感的一個工作。
第四次逃難：投奔怒海的中華民國船民
可惜越南的戰況，終非黃瑾瑜區區一位自衛隊副隊長所能改變的，白宮「以戰逼和」的錯誤政策，不僅讓原先軍事上佔優勢的美越聯軍無法快刀斬亂麻殲滅北越正規軍與越共，還導致美國本土爆發強烈的反戰運動。美國總統詹森恐懼引發第三次世界大戰，嚴格禁止美軍炸射海防港等重要目標，更是讓來自蘇聯與中共的軍用物資源源不斷運入北越。
尼克森上台後，美國實施「越戰越南化政策」，在將美軍撤出越南的同時給予南越軍隊更多的訓練與裝備。搭配美國B-52轟炸機提供的空中支援，越南共和軍曾擊敗1973的復活節攻勢，迫使范文同領導的北越政府一度坐回談判桌。然而尼克森卻因為水門案被迫提前下台，由民主黨掌握的美國國會趁機砍掉了對南越政府的所有預算，將越南共和國逼上了最後的絕路。
