到了1975年4月，任憑越南共和軍如何英勇，都難以在缺乏後勤補給的情況下，抵禦背後仍有蘇聯和中共力挺的越南人民軍。越南共和國首都西貢在4月30日為北越軍隊佔領，黃瑾瑜本人與美國沒有特殊淵源，故沒有機會被納入美軍「常風行動」（Operation Frequent Wind）的撤退名單，無法搭乘直升機或軍艦離開越南。
黃瑾瑜深知自己不只是反共人士，而且還是中國國民黨的黨員幹部，留在西貢的下場只有死路一條。得不到美軍和中華民國政府的幫助，他只能依賴自己的力量尋找出路。包括夫人、三個女兒與一個兒子在內，黃瑾瑜將自由新村裡的84名親朋好友召集起來，讓大家各出一兩黃金買了一艘漁船，並決定在1975年5月7日當天由頭頓出海。
為了不被越南人民海軍偵測，他們在出海後還先往北航行了一段時間，一直要等到出了公海以後，才掉頭往南方行駛。起初黃瑾瑜想到新加坡碰碰運氣，因為新加坡總理李光耀的立場向來同情南越，又同是華人同胞，應該會樂意接納他們84人。結果到了新加坡外海，黃瑾瑜才被告知李光耀的政策是不接納任何越南船民，他們只好轉道馬來西亞。
馬來西亞政府反而比較人道，讓黃瑾瑜他們停留了10多天，並提供食物和淡水補給。只是黃瑾瑜等人終究不是馬來西亞人，最後吉隆坡當局還是勒令他們離開。擺在黃瑾瑜眼前的，只剩下兩個選擇，一是到菲律賓，另外一個則是航行到更遠的自由祖國所在地台灣。星馬排斥越南船民的態度，讓他相信中華民國是自己唯一的選擇，畢竟船上的84人可都是政府口中的炎黃子孫。
於是他下了最後的決心，將漁船往台灣的方向開去，並在航行了53天之後抵達蘭嶼外海。起初中華民國政府也不打算收留難民，嚴格禁止黃瑾瑜他們在蘭嶼上岸。精疲力盡的黃瑾瑜，只好對著無線電喊出大陸災胞救濟總會理事長谷正綱的名字，這才讓蘭嶼方面有了回應。原來過去谷正綱造訪西貢的時候，曾經獲得黃瑾瑜親自出面接待。
谷正綱聽聞了黃瑾瑜的下落後，立即安排將84名船民送到高雄九曲堂，才讓一切通通都安頓了下來。結束了漂泊之旅的黃瑾瑜，後來也順利進入救濟總會擔任科長職務。此刻的他，仍繼續扮演中越兩國的溝通橋樑，盡一切可能救助漂流到澎湖的越南難民。這個工作，黃瑾瑜一幹就是11年，直到1990年才離開澎湖。
經過黃瑾瑜之手獲救的越南難民，總計高達13,341人，他們都在救濟總會的支持下得到安置。多虧黃瑾瑜的努力，類似金門守軍射殺越南難民的三七慘案悲劇才沒有在澎湖上演，也讓中華民國政府沒有在全球營救船民的人道主義運動中缺席。黃瑾瑜指出，接受他救助的越南難民中有100選擇留在台灣，其餘的都在救濟總會幫助下又移民到了美國、加拿大或者澳洲。
