總領事館指出黃瑾瑜才17歲，還不符合軍校招生的19歲資格，要他先留在家裡等待通知。直到1940年，黃瑾瑜才接獲駐河內總領事的通知，請他接受軍校的入學體檢。他在體檢通過之後，終於在領事館人員安排下於1940年3月首次踏上祖國的土地，進入陸軍官校第4分校第26總隊，即華僑總隊展開軍事訓練。
他在1942年10月畢業後，本來要與300名同學送往貴州息烽縣接受軍事委員會調查統計局訓練，返回越南從事情報蒐集工作。可黃瑾瑜最大的心願，是上戰場上打日本人，對參加軍統局毫無興趣。好在這個時候，軍校第1期畢業的老學長，時任第32集團軍總司令的李默庵少將現身息烽，為由他身兼司令的突擊總隊（Chinese Surprise Troops）招募人才。
所謂突擊總隊，是太平洋戰爭爆發前由中華民國與大英國協共同提出的一項合作計劃，以將英軍特別行動處（Special Operations Executive）的敵後爆破經驗傳遞給國軍。在丹尼（Lancelot. E. Denny）准將的率領下，一支由英國人和澳洲人組成的第204代表團（Mission 204）來到中國，在湖南祁陽成立西南幹部訓練班，為突擊總隊官兵提供專業的爆破和特戰訓練。
只是當黃瑾瑜向西南幹部訓練班報到時，英國和澳洲顧問已經因為中英關係的不協調撤走了，所以他坦言自己在那裡沒有見到任何西方面孔的教官。黃瑾瑜完成了兩個月札實的訓練後，黃瑾瑜就被派到第1突擊隊第2營的迫擊砲連任少尉見習官，在軍校第4期畢業的司令周淘漉少將率領下，派往第3戰區接受司令長官顧祝同將軍的指揮調度。
第一次的逃難：慘遭新4軍殲滅的孝豐之役
一心想抗日的黃瑾瑜所不知道的是，日本人在蔣中正委員長心目中只是肌膚之疾，真正的心腹大患卻是利用抗戰發展壯大的中國共產黨。自1940年10月的黃橋戰役以來，第3戰區的主要任務就是監控中共新4軍，其次才是針對日軍的軍事行動。突擊總隊進入浙江之後，被賦予的第一大任務就是掌握新4軍「三五支隊」在四明山上的動態。
雖然是同時對抗日軍與共軍的兩面作戰，但突擊總隊更多時候是利用汪精衛的和平建國軍剿共。其中和平建國軍第13師第25旅旅長李啟蒙少將，還曾率領兩個團的「偽軍」向李默庵投降，改編為第3突擊隊投入對新4軍的作戰。可見黃瑾瑜加入的突擊總隊，其實是中共口中所謂「專打共產黨，不打日本人」的「頑軍」。
黃瑾瑜指出，他這生還是與日本人打過一次仗，那次他們正在追擊「三五支隊」的行蹤，結果剛好與一支同樣也在掃蕩「三五支隊」的日軍遭遇。即便新4軍是中日兩軍的共同敵人，蔣中正的中央軍嫡系部隊終究還是日軍在中國的頭號消滅對象，於是雙方就在東陽大打出手。結果第1突擊隊硬是憑藉著優秀武力擊退了日軍，讓黃瑾瑜享受到了痛打日本鬼子的喜悅。
