然而第3戰區終究不是中日兩軍交鋒的主戰場，這場發生於1944年初的戰鬥，也就成為黃瑾瑜唯一一次與日軍的交手經驗。後來絕大多數的時候，他遭遇到的不是新4軍就是和平建國軍，而且後者每次只要看到突擊總隊就是立即脫離戰場，所以黃瑾瑜根本上沒有戰鬥的機會。直到1945年初夏，他們突然奉命趕往浙江省西部的天目山，投入第3戰區的一場大規模剿共行動。
原來日本敗戰之日即將到來，顧祝同將軍憂慮迎接盟軍在華東沿海登陸的中國軍隊是共產黨的新4軍，將危及國民政府戰後的政治地位，決定動員李覺的第25集團軍進攻中共蘇浙軍區，第1突擊隊也在接替周淘漉擔任司令的胡旭旴少將率領下開往前線支援增援。此刻的黃瑾瑜，也以第1突擊隊機槍連第1排的少尉排長身份投入實戰。
第1突擊隊配合陸軍79師部署在右翼的孝豐，第52師、第146師與獨立33旅部署在左翼的廣德，試圖一舉殲滅在天目山上活動的新4軍。可沒想到左翼主力52師中了蘇浙軍區副司令員葉飛的分割包圍之計，反遭新4軍以優勢兵力包圍全殲。趕往支援的獨立第33旅也被打至全軍覆沒，讓共軍能夠集中兵力打擊右翼的79師和突擊第1隊。
戰鬥到6月21日，孤立無援的突擊第1隊被圍困到孝豐東南一個峽谷，而且還被共軍切斷了水源。黃瑾瑜還記得他以馬克沁機槍一遍又一遍掃射著向他撲來的共軍，打到連槍管都通紅了，卻還是無法阻止共產黨的人海。他們堅持了兩天兩夜，最後還是遭到新4軍20,000餘人的優勢兵力擊潰，不願投降的胡旭旴少將慘遭共黨射殺，成為黃埔健兒的表率。
在這場被中共稱呼為「第三次天目山反頑戰役」的戰鬥中，國軍共9,000人遭殲滅，突擊第1大隊第3營營長熊壯猷與第5營營長陳士瀛被俘。黃瑾瑜沒有被擊斃，但是他也不願意做中共的俘虜，於是展開了長達兩個多月的逃亡歲月。他化裝成老百姓，從中共控制下的浙西逃往汪精衛政權控制下的蘇南，然後又進入中共統治的蘇北，最後才會到掌握在政府手中的安徽省北部。
這是黃瑾瑜人生當中的第一次逃難，幾乎是同時遭受共軍和日軍的通緝，只要被發現自己是「國特」或者「重慶份子」，下場基本上就是死路一條。尤其是來自越南，講話又有廣東口音的他，在江蘇省活動是非常容易被日軍發現的。好在汪精衛政權是由廣東人組成的，且來自新加坡的汪精衛追隨者張永福又出任南京國民政府駐越南特使，或許也在無形之中為黃瑾瑜這樣的越南華僑帶來庇護。
第二次逃亡：大陸淪陷之際逃回北越
抗戰勝利後，黃瑾瑜沒有選擇回到越南，而是前往江蘇省南通縣投效擔任第1綏靖區司令官的老長官李默庵中將。他們的任務是將郝鵬舉指揮的和平建國軍第7方面軍改編為國軍第42集團軍，同時防治共產黨在蘇北地區壯大。身為黃埔軍校生，他自然忠於國民政府，但是也親眼目睹到郝鵬舉將軍在國共兩軍之間游離，最後慘遭共軍擊敗的命運。
