政府捐助財團法人，被外界形容為酬庸之處，這樣的指控對165個財團法人是否公平？行政院官員表示，過去政府在檢討財團法人存廢時，各部會都會強調下轄財團法人「扮演一定功能」，有其存在價值，工業局官員也強調，經濟部下轄的「大法人」（工研院、資策會）、「小法人」，在推動產業升級上一直扮演重要角色，有些基金會目前每年從政府拿到補助已經不多，卻仍能主動創造研發價值，很多財團法人的官派代表，只能領取車馬費，卻得申報財產，學界根本沒人想當，「哪來的肥貓？」
經濟部捐助的每一個財團法人，成立過程都和當時政府產業政策密切相關，舉例來說，1985年成立的財團法人車輛研究測試中心，就和台灣發展國產汽車政策有關，該中心是由交通部、環保署及車輛業者共同捐贈，中心董事長即是裕隆集團的中華汽車副董事長劉興台，對照目前民進黨政府推動前瞻基礎建設，準備投資42億元在高雄成立軌道技術研究暨驗證中心，都有著同樣的初衷。
另外，大電力試驗研究發展中心是由台電與國內13家重電機製造業聯合捐助，紡織綜合研究所則是工業局與棉紡工業同業公會捐助，更早的食品工業發展研究所，則是1965年台灣罐頭食品工業同業公會與農復會、經濟合作發展委員會捐助成立，創辦者是謝成源，也是台鳳首任董事長，和台灣當時出口鳳梨罐頭背景密不可分。
後來成立的精密機械研究發展中心與塑膠工業技術發展中心（塑膠中心），成立當時台灣的塑化與工具機產業都是主力出口產業，時至今日，政府提供補助都已經不多。
「拿不到政府資源的小法人 懂得靠自己打出血路」
工業局官員表示，外界談到政府捐助財團法人，總是動輒戴上酬庸的帽子，但很多財團法人成立迄今，扮演重要產業升級角色，以塑膠中心為例，該中心去年斥資4億元，在台中興建高分子醫材大樓，不僅沒拿政府一毛補助，也沒跟銀行貸款，「這種拿不到政府資源的小法人最好，懂得靠自己打出一條血路」。
該官員表示，塑膠中心幾年前跨足汽車零組件的測試檢驗領域，早年零組件廠東陽的產品，要將產品賣到美國以前，要把產品先寄到美國測試檢驗，有時候還會寄丟，該中心後來與美國保險集團簽約，在國內提供廠商驗證，為廠商省下很大的費用。
官員表示，塑膠產業都是中小企業，「小法人」就是產業界的研發中心，現在塑膠中心配合5+2產業計畫，投入醫材測試檢驗，工研院生醫所也在做，初期絕對是賠錢，但長期來看一定有前景，就像高雄金屬工業中心投入牙根的製作一樣。
官員強調，經濟部與業界共同捐助的財團法人，都是按照出資比率分配董監事，官派的董監事幾年前開始，適用《公務人員財產申報規定》後，目前要從學界找法人代表的困難度已經愈來愈高，「1年才開會2次，1次幾千元車馬費，卻要申報財產，誰要來參加？」
政府下轄財團法人 也會「增生」財團法人
有趣的是，政府捐助財團法人，不僅會隨著產業政策不斷增生，政府下轄財團法人，也會「增生」財團法人，舉例來說，工研院為了推廣環保組織與產品驗證，也成立了財團法人環境與發展基金會，據了解，台灣因為外交空間受限，過去在國際非政府組織的參與，都是透過工研院等「白手套」代表，不過，工研院在環境與綠能領域，已經有綠能研究所，為何需要另外成立環境與發展基金會，工研院方面目前尚未回覆。
工研院主管表示，環境與發展基金會係推動污染防治與環保標章，當初開辦因為工研院認為與工研院業務有衝突，目前主管機關是環保署，該基金成立後與中研院之間，完全財務獨立。
