不管中央或地方，只要政府想要蓋工業區或科學園區，最先覬覦的一定是台糖的土地。這是因為台糖的土地方整平坦、面積大，基本公共設施完善，土地上沒有諸多農舍、所有權屬單純，土地公告現值普遍遠低於周邊以及市場行情，更重要的是主導經濟發展的經濟部是它持股逾90%的獨大股東，僅需透露高官或中央民代，便極易搞定經濟部，對台糖予取予求。遠者不論，近年來有名的個案如中科三、四期、高雄路竹工業區、以及正在吞噬中的二林精密機械園區與彰南產業園區，合計面積即遠逾1千公頃。
正因台糖土地方整平坦、面積大，基本公共設施完善，土地上幾乎沒有農舍，而且主要是農業用途，所以，根本就是最佳的優良農地。依照區域計畫法第13條第1款關於「特定農業區」的定義，是指優良農地，或曾經投資建設重大農業改良設施，經會同農業主管機關認為必須加以特別保護而劃定者，顯然台糖土地絕對該當。但因為隸屬於經濟部，因此，台糖土地，在我國國土計畫體系下的土地使用分區，乃被編定為特定專用區。內政部與農委會曾有計畫想更改編定回「特定農業區」或「一般農業區」，但經濟部不願同意而遲遲無法完成。因為形式名目上並非農地，變更移做他用的阻力較小，又有上述優點，於是逐漸變成工業用地提款機，任各界假藉經濟發展名義巧取豪奪。台糖土地流失的脈絡，正如學者張素玢於《濁水溪三百年 歷史、社會、環境》一書所形容，乃政府汲取農業所得灌溉工業發展，工業壯大後並未反脯農業，反而變本加厲吞噬農地的縮影。
「提升糧食自給率，保護優良農地」，乃經馬英九總統於100年「全國糧食安全會議」後，親口支持背書的行政院既定重大政策。關於「提升糧食自給率」部分，該會議結論訂定以2020年為目標年，將自目前的32.6%提升到40%。因此，維護及保存特定農業區農牧用地，絕不輕易變更使用、避免徵收，迭經行政院第3205次、第3247次、第3254次院會決定，乃為目前國家最優先的國土政策。此外，內政部於2013年10月17日公告的全國區域計畫，亦明白指出都市計畫的都市發展用地供過於求，國內人口成長趨緩，甚至逐漸轉負，新訂或擴大都市計畫應更為審慎；都市計畫工業區與中央工業主管機關編定的工業區，現況閒置、低度使用或老舊不敷使用，尤其前者與地方政府直接報編的工業區整體平均開闢率最低。因此，不論是都市土地或非都市土地，內政部做為國土開發許可與核准徵收私有土地的主管機關，必須嚴格把關各項審議，責無旁貸。
然而令人遺憾的是，經濟部輔導企業的重點原應在於產業本身的競爭力提昇，但卻淪為協助業者取得便宜用地的土地仲介或買辦，加上內政部把關不力，一手縱容舊工業區變更為住商分區、另一手又放任工業區的浮濫報編。於是不僅一般人民（尤其農民）怨聲載道，連自日本政府接收大幅優良農地的台糖，在各方人馬蠶食鯨吞之下，原本持有逾10萬公頃土地，短短數十年，迄今僅剩約5萬公頃。而且即使因苗栗大埔事件及農民群起抗議夜宿凱道之後，馬英九總統與當時行政院長吳敦義召開「全國糧食安全會議」，公開做了提升糧食自給率與保護優良農地的宣示，台糖土地卻仍持續流失，其他農地徵收也未曾稍歇。不管馬政府是說一套做一套或說了做不到，民間聲旺差、民意支持度低，確實怪不得別人。
