為了加強防衛，1734 年（ 雍正12 年）知縣錢洙在土城城牆外再加植三重莿竹，1760 年（乾隆25 年）知縣王瑛又在四座城門側各增建一座大砲臺，作為防衛的重武器，加強火力。但1786 年（ 乾隆51 年） 林爽文事件爆發時，由於蛇、龜二山之上皆無城牆防護，加上土堡的牢固程度不足，使民軍翻越龜山進城，左營鳳山縣城被其盟軍莊大田攻陷，舊城損毀。事件後來台視察的福康安，有感於左營舊城三面環山，易攻難守，於是上奏清廷請求把鳳山縣衙遷往當時已相當繁榮的埤頭街（今鳳山區）。鳳山縣治於1788 年（ 乾隆53 年）正式遷駐到埤頭街 ，當時也用莿竹築起了一座鳳山縣新城，相對於鳳山縣「新城」，左營舊城被稱為「舊城」，於是就形成了清代臺灣少有的「一縣兩城池」。
2. 第二次圍城：放蛇捉龜
然而，在民變頻傳的清代，因新城地處平原周遭無險可守，兵禍更盛，加上初搬遷後初期，鳳山新城實際上沒有城垣，僅以莿竹相圍，使得新城多次在戰亂中遭受波及。1805年（嘉慶10 年）海盜蔡牽犯臺，追附之吳准泗佔領鳳山新城80 多天後，才被清軍收復。於是又有人提議再遷回舊城，因為舊城襟山面海形勢，守備條件較佳。而且舊城原來就有城垣，稍加整修，花錢不多就能恢復舊貌，蔡牽之役後2 年（1807 年），嘉慶皇帝批准將縣城遷回興隆莊舊城。
但大亂一息，鳳山縣官民對縣城遷離繁華的埤頭街，又態度消極了起來。一拖17 年後，1824 年（道光4 年）又有許尚、楊良斌起事，再次攻陷埤頭街。此時臺灣知府方傳穟終於下定決心，提出「官捐民倡」的辦法，重建鳳山舊城。方傳穟募集建城資金14 萬9 千兩白銀，由知縣杜紹祁督改建興隆莊縣城為石城，1825年7 月開工，次年8 月便完工了，實際耗資9 萬餘兩。
這1826 年舊城第二次的圍城，除改採壘磚石圍城外，城池的範圍有所變更。第二代石城捨去蛇山，全圍龜山在城內，即所謂「放蛇捉龜」。這是鑑於舊城第一代的土城包含了部分的龜山與蛇山山體，本想利用兩座山當天然防衛，但林爽文事件時，莊大田率領的軍隊就是從龜山攻入城內的。因此這次改建，便將整個城池向東北方向移動，將整個龜山圍在城中。除了城垣與城門的改造外，此次改建並且修復了官署、倉庫、監獄等設施。
但耗用巨資修好的舊城第二代石城，實際上是棄而不用的空城，鳳山縣署從未返回舊城辦公。鳳山縣官府、民眾等卻以舊城風水不佳（《臺灣通史》言「杜紹祁忽死，眾以為不祥，無敢移者」。此說已被推翻，杜壽終於故鄉），用水不便等理由，不願從埤頭街遷回，背後實際原因還是在於新城比舊城繁華太多，尤其1838 年（道光18 年）新城附近開闢曹公圳後，灌溉農田數千甲，使埤頭的經濟地位更行鞏固。終於在1847年（道光27 年），道光皇帝批准讓縣治遷回埤頭，對現狀予以承認，這才讓爭論了40 年的「雙城爭議」劃下句點。舊城空留一座氣派的石城，再也無法恢復昔日的行政中心地位。
