一切衝突「一人一事良心救國運動」中的「刺青運動」於綠島大失敗以後爆發，獄方移送不願配合的政治犯同時也大舉「抄房」，從菜園、掃帚、熱水壺底部、甚至咖啡糖包中搜出各種抄寫左翼思想的叛亂「罪證」，又刑求政治犯逼迫承認「參與組織」、有人甚至被拷打到無法寫字──最終，又因為原海軍司令員楊慕容多次喊冤未果、失望悲憤而在牆上寫下「共產黨萬歲」等語，變成國防部長俞大維、參謀總長彭孟緝示意嚴辦的依據，造成13人遭槍決、數十人延長「感訓」的悲歌。
對於其中所謂的「抓耙子」，林傳凱說，有些政治犯本來就是親國民黨的、覺得自己很冤又仇視「左傾仇寇」而願意配合，有些是希望減輕刑期、或孤身來台的外省政治犯為了換取物資而願意配合──獄方利用政治犯被捕後的人性弱點，操弄人性，便產生了大量的致命報告。
知名「虐囚監獄」新店軍監：官方利用「細胞」、不存在的組織，將一群人羅織為叛亂案
而在綠島「再叛亂」案之後爆發、偵審拖延長達6年的新店軍監案，政大台史所碩士李禎祥直言，這是一起駭人聽聞的政治案件，官方利用「細胞」（告密者）、不存在的組織，將一群人羅織為叛亂案。
李禎祥於論文寫到，新店軍監本來就是以「虐囚」著名的關押點，冬冷夏熱形同「人疊人被燜在蒸籠裡」，獄方時不時剝奪用水權、造成缺水、致囚犯必須輪流用盡肺活量從水龍頭把水吸出，甚至還會進行私刑，將數人關進連一人居住都不夠空間的「黑房」、以「吊樹」和「坐飛機」之刑將囚犯手腳反綁加石塊倒掛山區樹上、手腳反綁穿木棍扛著遊監等，造成政治犯對獄方恨之入骨。
而政治犯學習政治理論、分為「積極派」與「消極派」一事，在新店軍監也存在，軍監許多人會圍繞一些政治領袖如陳行中進行談論，白色恐怖受難者陳英泰如是說：「被關的大多數人，是中共為迫在眉睫的台灣解放，濫竽充數、倉促吸收的統一戰線產物、或是被冤枉的人，很多人根本就沒受過政治理論的洗禮……既然現在都為政治問題坐牢，且有的是時間，趁機把政治理論研究好了才知道真理所在。這種想法過去在綠島成為主流，現在也在軍監成為主流。」
這些口頭討論也引起獄方警覺，因此透過「細胞」鋪底、佈置偵查打入其想像的「組織」，其中「細胞」多為過去的軍人，長期密報下終於在1953年5月開始「收網」，大舉搜房、政治犯脫光檢查、找出上百份為了政治學習抄寫的字條，選定陳行中等47人作為所謂「叛亂組織」嫌疑人移送。
雖然一開始特務不斷嚴刑逼供都找不到任何「組織活動」的佐證，但在獄囚馬時彥被偵訊時說出「新聯會」（新民主主義革命同志聯合行動委員會）一語後，一個不存在的組織就這麼成立。獄囚馬時彥、祝英節不只承認加入所謂「新聯會」，他們的指控也將其他獄友拖下水，越靠近者兩人的刑期越重、猶如「死亡中心」。本來第一階段已將案子告段落發回輕判，上呈蔣介石以後卻又被覺得判太輕，最終變成死刑加到16名、感化延長30多名的慘劇。
