為迎戰九合一選舉，國民黨動員挺藍台商成立全國後援會，卻因推出優惠機票等措施遭在野黨質疑。為避免再起爭議，主導動員工作的台商代表已決定改採不公開餐會方式，為藍營候選人尋求支持；針對台商的催票廣告，也僅在台灣媒體在中國發行的版本上刊登，內容更避免支持任何政黨或候選人。
國民黨於9月成立大陸台商後援總會，公開為黨籍縣市首長候選人造勢，並由台協會長或台商代表「認養」縣市責任區。台商在中國成立的「大陸台企聯」除規劃在中國7個城市舉行區域造勢活動外，也出面協調兩岸航空公司，提供返台投票的優惠機票。
台商組織投入輔選，引發在野黨抨擊，更質疑中國政府是否透過台商系統影響台灣選舉，尤其在上海台協20週年活動，因台北市長候選人連勝文市政顧問團總團長歐晉德、國民黨大陸事務部主任桂宏誠的出席，引來「台商活動變為造勢場合」的批評，讓參與台商承受不少壓力。負責台商後援活動的主要台商因此討論決定，隨著輔選工作重點移回台灣，將不再舉行大型造勢活動。
據透露，有台商在內部討論時提出，不久前有華南地區資深會長出面設宴，邀請產業界人士餐敘，會中再由經常走訪台商的藍營大老攜連勝文到場致意請託，效果比造勢場合更為直接。因此返台投入輔選的台商代表同意，在選戰最後1個月階段，以不公開的餐會場合取代出席大型造勢，對選戰更為適宜。
另外，由於台商支持容易讓外界聯想到中國因素，因此負責動員工作的台商會長也認為，直接將台商與國民黨或特定候選人連結，可能反而產生負面影響，因此決定配合返台投票班機啟動的催票廣告，將不在台灣媒體刊登，而只在部分發行中國版本的台灣報紙上投放，而且內容僅止於呼籲台商積極返鄉投票，隻字不提政黨或候選人。
對於國內政治氣氛迫使台商輔選工作轉至檯面下，部分資深台協會長感慨，台商經常背負「紅帽子」的壓力，也無法像其他身分的民眾一樣自在地表達政治立場，政黨卻總是到了選舉才會想起台商，讓台商漸漸對台灣政局心灰意冷。
