國安會秘書長金溥聰上任之後，針對諮詢委員人選及職能逐步調整，然而對日專家卻持續從缺。會內消息透露，金溥聰原欲延攬政治大學亞太所研究員蔡增家進入國安會，卻遭調查局攔阻，表示局內正就「風紀問題」對其進行相關調查，率爾任命可能引起爭議，金溥聰只能作罷，而補實國安會諮詢委員懸缺的作業也再次受挫。
過去國安會主要功能為總統在國防、外交及兩岸的核心幕僚，在馬英九總統第二任期時，又因應國家發展增補經貿策略、環境保護及人口政策等功能。然而在金溥聰接掌之後，除維持兩岸、國防及對美關係專長外，增補諮詢委員以情報、調查為主。
諮委懸缺已久 馬遭疑「重中輕日」
而在外交專長方面，自2013年下半年起，國安會中已無專門負責日本研究的諮詢委員。在前副秘書長楊永明辭職後，國安會未能遞補適當人選，而是將當時剛發佈出任亞東關係協會秘書長的張仁久，調往副秘書長張大同辦公室，直接統籌對日工作。日本政界及學界因此傳出質疑，是否因馬政府重返「重中輕日」政策，才不願補實國安會內的日本專長諮委。
此一人事佈局，在故宮國寶赴日借展爆發「國立爭議」致使總統夫人周美青訪日行程延期一事上，導致國安會錯失危機處理的時效，讓金溥聰積極思考補強此一功能空缺，相中政治大學國際事務學院亞太所研究員蔡增家進入國安會。
蔡增家爭議大 一度捲入對日洩密案
然而金溥聰提出此一人選時，立刻遭到調查局打槍。調查局向金溥聰透露，局內接獲來自師大等大學的學者檢舉，指蔡增家有帳務相關的風紀問題，正在進行調查，在事實完全釐清前，國安會若逕行任命此一人事案，恐引發爭議，在野黨也可能藉此攻擊金溥聰及國安會。在調查局強力阻攔下，金溥聰只好作罷。
而據國安會內消息透露，讓金溥聰打消此一人事安排還有另一個原因。有曾經參與馬英九總統「東海和平倡議」研擬的學者向國安會回報，在馬英九正式發表倡議前，蔡增家曾將倡議內容透露給友好的日本人士，讓我方情治單位一度懷疑涉及間諜洩密。雖然後來經查發現只是學者間訊息往來，但也讓情治部門對蔡增家更難以信任。
補缺工作停頓 國安會諮委功能失衡
在延攬蔡增家受挫後，金溥聰補實國安會諮詢委員缺額的工作再度停頓。目前在外交政策方面，由金溥聰和副秘書長張大同主導，為補強此一功能，金溥聰辦公室更以為外交部北美司借調人員為主力。
而目前國安會內除邱坤玄負責兩岸政策研究外，在政大社會系教授陳小紅獲同意出任監委，而前移民署長謝立功投入基隆市長選舉後，其餘諮詢委員專長背景集中在情報及調查，在金溥聰視察情治機關引發爭議之際，國安會諮詢委員的功能失衡更加深外界對國安會角色的質疑。
