中共總書記習近平26日接見台灣統派團體訪問團，重新以「和平統一、一國兩制」做為對台政策主軸，引發台灣政壇譁然。據了解，北京主動邀約台灣統派團體一事，府院及國安高層事前雖然知情，但未有具體掌握；事後至今近一週，亦未為此特別召開會議討論，顯然失之被動。
正當兩岸為APEC與馬習會是否掛鉤處理而陷入膠著之際，我方高層不斷釋出「仍在繼續爭取」的訊息。知情學者私下透露，我方雖然已有破局準備，仍認為在雙方正式表態前，都還有轉圜空間；甚至有國安幕僚認為，雙方領導人先後在十．一及雙十兩岸國慶的重要談話，才是APEC馬習會定案的正式表述。
殊不知此時北京已為建政65週年對台政策定調預做準備，主動邀約台灣20多個統派團體訪問，安排由習近平接見並發表重要談話。在行前，北京涉台系統與受邀的台灣統派大老已針對談話內容有大略討論，我方人士也向高層釋出「將有重大談話」的訊息。
然而據內部人士透露，儘管國安高層知悉統派團體應邀登陸一事，但並未主動了解內情，僅依慣例交付陸委會及幕僚接觸掌握，並未意識到對岸可能藉此做出重大宣示。甚至在中國國台辦於24日主動宣佈習近平將接見統派訪問團一事之後，國安會仍認為對岸不至於對統派人士有令人意外的談話，因此並未針對此事有任何因應準備。
事實上，在統派訪問團確定成行後，馬英九總統於22日接見歐洲媒體亞洲特派員訪問團，在座談中不但大談師法兩德模式解決兩岸問題，更再次表達願意在北京APEC與習近平會面，同時強調APEC設計是毋須以正式職銜會晤，「北京不必顧慮被認為放棄一中原則」。
然而習近平談話證明，北京對台政策已改舷易轍，不僅未再提「一個中國，各自表述」的九二共識，更重回2008年之前的「和平統一，一國兩制」，形同否決馬英九上任以來的兩岸政策論述基礎。
面對此一重大轉變，國安會並未特別召集會議討論因應，僅止於在每週例行的兩岸、外交小組會議提及。但意識到在中方提出「一國兩制」的前提下，APEC馬習會幾無可能，因此在27日發佈馬英九於9月16日接受半島電視台訪問的內容，強調我方不接受一國兩制，對馬習會「還會繼續創造條件，但也不會強求」。
對於府方及國安高層未對情勢變化即時研議對策，內部知情人士指出，由於目前國安會諮詢委員中專責研究兩岸政策的諮詢委員僅邱坤玄一人，若遇重大議題，國安會秘書長金溥聰傾向與陸委會主委王郁琦單線討論，再聽取較受信任的智庫意見，因應作為確實較為被動。
