國防部中山科學研究院年初正式改制為行政法人後，4月16日正式生效，並更名為「國家中山科學研究院」，因組織設置條例規定有11到15席的董事，首任11席董事人選完全由國防部選定，值得注意的是單獨聘請前中科院長龔家政出任董事，這是對他在院長任內整合雄二E巡弋飛彈並突破研發瓶頸的肯定。
據指出，依《國家中山科學研究院設置條例》，國防部長嚴明是當然董事長，董事名單包括經濟部常次沈榮津與科技部政次林一平都是當然董事，以及指派主管業務的參謀本部執行官廖榮鑫、常務次長沈一鳴、軍備局長金壽豐以及戰規司長成雲鵬外，學術界以成功大學校長黃煌煇、交通大學校長吳妍華以及清華大學校長賀陳弘為當然董事。
2席專業人士董事則包括中科院前院長龔家政與中科院參與天劍計劃的黃明揚。其中海軍中將龔家政在中科院長任內，整合內部資源，成功突破技術瓶頸，奠定雄二E巡弋飛彈微量化，成功讓雄二E巡弋飛彈射程超過600公里並試射成功，但龔家政因與當時的國防部長李傑不合，並未因雄二E巡弋飛彈成功而受重用，反而被冰涷到聯勤副司令退伍。
至於天劍計劃的黃明揚，因黃明揚在美國求學時與馬英九總統熟識，馬總統執政後是由黃向馬提出中科院轉型為行政法人的構想，因此列為董事人選，被解讀為酬庸性質。
