卸任前十天，馬英九總統批准了中研院長翁啟惠三月滯美期間的傳真辭呈，直接「手諭」三位副院長留任，並派副院長王汎森代理院長。馬英九批准翁啟惠辭呈同時，也以千字信函致翁啟惠，要求中研院儘速安排遴選名單上的三位候選人「來府面會」，以便他或下任總統（蔡英文）任命新任院長，此一形同「面試」安排，最快本周內即將進行，不論馬英九最終決定核定新任院長，或留下意見供下任總統圈決，都是幫蔡英文拆了炸彈。
民進黨對馬英九准辭翁啟惠的反應是：倉促決定恐有失周全、應該解釋為何從四月拖到五月？後者剛好解釋前者，從翁三月底請辭，到五月十日准辭，經過一個月又十天的考量，不可謂倉促；至於為什麼拖一個月？還需要解釋嗎？翁是因為浩鼎案滯美不歸而以傳真請辭，立刻批准，不是給了翁啟惠不必回台的理由？堂堂中研院長又豈宜以如此「倉惶」姿態請辭？這不但攸關翁的個人尊嚴，也攸關中研院的學術尊嚴。
翁啟惠返台赴總統府與立法院，說明浩鼎案，並參與院長遴選，讓中研院人事有一個基本結論，雖然遴選過程竟爭議不斷，先是候選人遭放話扣上「親中」紅帽子；繼而臨場變更投票程序，以利於特定候選人出線。結果，遴選名單之一的郭位聲明「台灣政爭如野草蔓延」，退出遴選；翁啟惠二度入府不談辭職，只能請假或休假，「以免人事動盪」，理由是他辭，三位副院副院長也得隨同他辭職，還要總統儘速確定院長人事，他可以「提前交接」。
中研院士鬧「分裂」，大學問家不懂民主程序為何物
已經進入司法程序的浩鼎案按下不表，先不談司法的無罪推定，翁啟惠的院士是終身榮譽；就院長人事而言，這就是過去一個月來，中研院與總統府的「大鬥法」，避免總統將權力之手伸進學術機關的馬英九，按兵不動，卻讓中研院焦躁不已，五月初，三十五位院士連署，以遴選之程序爭議，呼籲馬英九退回遴選名單；三天後，另一批四十五位院士連署，力挺評議會遴選程序沒有瑕疵，這是最高學術機關史無前例的「分裂」，中研院的大學問家們，恍若未覺自己鬧了多大的笑話！
第一，他們不知民主程序為何物，甚至對基本的議事規則認知都不足。任何遊戲規則都不能在競選人名單擺出來之後才變更，此其一，院士們不懂，問問雖非院士但同為評議員、且曾任大法官的法律學研究所所長林子儀，當知臨場修改投票辦法多麼不得宜，但是，顯然評議會沒問，林子儀也沒說，六十七位出席評議員，六十五人同意變更投票辦法。
第二，這些大學問家真的都不覺得不妥嗎？實情顯然不非如此，否則不會有這麼多爭議，乃至院士接受《聯合晚報》普查時，會感嘆「悶得要死，有苦說不出」，中研院的創院精神就是學術獨立、思想自由，是誰、什麼原因，讓他們面對「不妥不宜」竟「不敢不願」發出正確之聲？甚至中研院聲明為遴選程序背書時，硬是隱匿提案變更選舉辦法和修改投票程序文字的評議員名字，如果程序沒有瑕疵，有必要隱其名嗎？主導變更投票程序的評議員為何不敢、不肯為自己的主張和行為負責？
第三，投票程序再有瑕疵，既經評議會通過，但凡參與評議會且未對投票辦法變更提出異議者，其實沒有權利和道理，參與連署反對評議會通過的遴選名單，然而，觀察兩份連署名單，力挺評議會程序者不乏私下嘆之罵之，卻一以貫之沒有道德勇氣反對之；而質疑程序瑕疵要求退回者，也不乏會中悶聲不吭支持變更投票程序者。套用翁啟惠的說法，大學問家們的道德標準與力爭是非的勇氣果然「有異於常人」。
面會候選人不退回遴選名單，保留中研院顏面
中研院人事爭議，說複雜很複雜，說簡單很簡單，一言以蔽之，有人意圖主導卻擔心總統另有他想，此人想太多反而把事情搞砸了，至少六十五名評議員（包括院士）不論是想太多或者想太少，都是把事情搞砸的「共犯結構」，讓中研院陷入進退兩難的僵局。
馬英九以總統職權出手，把複雜問題簡單化，並未逾越權力者面對學術獨立的分際，包括準總統蔡英文和前院長李遠哲、乃立法院教育委員會都決議翁應辭；副院長代理院務到新院長圈定產生，符合中研院制度法令；至於選舉辦法爭議、乃至部份院士正反兩方的連署，仍得由中研院釐清補正或研議解決之道（總統無意插手），至於退回遴選名單之議，馬英九以「面會」當選三人的方式，含蓄暫緩退回之舉，也算迴護了評議會的顏面。
至於面會之後如此處理，馬英九保留了下任總統行使圈定權的空間，當然，也保留了為蔡英文拆解這個學術炸彈的餘裕。三位當選人之中，郭位聲明退選，但還是在中研院提送名單之上，總統必須當面確認其意願，斷不可能圈定票數最少又聲明退選之人為院長；其他兩位對此次遴選爭議有何看法，也得聆聽，畢竟三人都是學術界的頂尖人士，論學術成就實無高低之別，卻無端捲入因為投票辦法衍生的爭議之中，對他們也是極不公平的事。
蔡英文應該慶幸免於捲入「浩鼎家族」之不當聯想
他們或許堅持維持遴選結果，則馬英九要不要圈定或留待蔡英文圈定，這是馬蔡要商量的事；或許他們也認可由院士會議重新投票以補正之前的爭議，那麼反而是一個公平的解決之道，無論如何院士會議的位階當然在評議會之上，如果要走這條路，同樣要經過院士會議先認可改變辦法，再由院士投票產生之，而院士會議理當聽聽三位（或兩位）候選人對中研院發展的願景，他們的願景也得讓全民理解，在科研成就之外，中研院也是國家人文發展核心中的核心。
蔡英文不必遺憾自己圈定院長的權力被「架空」了，總統的手本來就不必伸進學術獨立機關，威權時代的兩蔣即使不插手都不肯放手，民主時代的總統根本不需要這個掐住學術機關的「最後權力」，而院士投票產生的院長，還是要提請總統任命，總統任官權是誰都拔不掉的。相反的，當各界訾議中研院遭學閥把持、「浩鼎家族」建構新的政學商關係網絡，蔡英文都是這個網絡的核心，從利益迴避的角度看，蔡英文應該慶幸自己免於捲入不當聯想。
當年，李遠哲返國任院長，中研院遴選出三人供總統圈定時，余英時院士開開心心對外表示，「我是陪榜的。」表現出知識份子廓然大公的胸懷，學術生命是永恆的，不因為有無擔任院長而失色，而任何一任院長都應該秉持這樣的心情，為學術服務，而不是為權力者折腰，中研院長不是總統的院長，不是李遠哲的院長，在程序爭議聲中就任的中研院長得到的也只能是打了折扣的敬重，這對中研院發展當然是傷害。學術只為真理與文明服務，做為知識份子代表號的中研院，分藍分綠還分本土與親中的笑話，荒唐至極！鬧夠了，可以停歇了。
