清帝國的強硬手段使得鄭成功被迫切斷與大陸沿岸連結。鄭成功只好捨棄廈門，與二萬五千名士兵一同移往台灣。荷蘭東印度公司雖然在台灣建立了兩個要塞與商館，但鄭成功的軍隊在一六六二年攻下這兩個要塞，迫使荷蘭人從台灣撤離。不久之後鄭成功過世，清帝國終於在大約二十年後的一六八三年，成功地壓制鄭氏政權。這個從十六世紀後期倭寇時代以來，活躍於東亞海域並擁有強大的軍事力與自律的海上政治勢力，就此失去蹤跡。
十八世紀的東亞海域――和平的清帝國
鄭氏政權滅亡隔年，一六八四年清帝國發布展海令，允許民間船隻出海進行海外貿易，同時允許外國商船前往中國。清帝國為了民間貿易開放廣州、廈門、寧波等五個港口，設立海關，恢復東亞海域的秩序。剛結束五十年動亂的這片海域，呈現出與以往截然不同的風景。
首先，德川政權在一六三○年代之後，不顧反對施行了「鎖國」政策，使得原本除了中國大陸沿岸以外，東亞海域隨處可見的日本朱印船消失了蹤影。日本的白銀也不再像過去那樣大量輸出，被日本驅逐出境的葡萄牙人在海上的活動規模縮小，只剩下澳門和東南亞之間的貿易活動。前往馬尼拉的中國船數量減半，這也使得流入中國的白銀量減少。荷蘭東印度公司雖然定期派遣船隻前往長崎，不過貿易量也有明顯縮小的傾向。另一方面，荷蘭也不再派遣船隻前往中國，改與前往巴達維亞的華人商船進行交易。
換句話說，一六三○年代以前的貿易熱潮消退了，像鄭氏這類以熱潮為背景累積政治力、軍事力的「海上帝國」也消滅了。從此以後，民間商人基本上允許在清帝國認可的港鎮自由從事買賣，而華人海商出海進行貿易的限制也解除。多數華商順應這樣的變化，在清帝國所帶來的和平，與清帝國所追求的秩序下，再度頻繁地前往日本、馬尼拉以及東南亞，在東亞海域從事貿易活動。
不過，華商與日本之間的貿易，因為德川政權採取的貿易量限制政策而有所侷限，因此十八世紀前半，華商與東南亞之間的貿易量大增。華商甚至移居東南亞各地，與本國的親戚、夥伴合作從事貿易活動。此外也有不少華商前往巴達維亞，與荷蘭東印度公司和當地的華人社群進行貿易。
到了十八世紀，直接前往中國的歐洲船增多，尤其英國東印度公司與馬德拉斯民間貿易業者準備的商船，陸續前往廣州、廈門，以及寧波，直接採購茶葉、陶磁器等商品。隨著茶葉在歐洲的需求性增高，前往中國的歐洲船大增。法國東印度公司更是透過在清帝國宮廷具有影響力的傳教士協助，在廣州開設商館，並派遣商館員常駐，致力於從事對中貿易活動。
