奧運進行期間，國際、社群媒體上出現大量針對我國選手所發出的攻擊，包括《哈利波特》作者JK羅琳（J.K. Rowling）多次在網路上發文影射台灣拳后林郁婷和阿爾及利亞女拳手克莉芙（Imane Khelif）是跨性別選手。府院在執政100天之際透露了當時的決策。
據了解，JK羅琳發文質疑我國選手資格，總統賴清德聞訊後，府院立即成立應變任務小組，賴清德和行政院長卓榮泰並熱線討論後續因應措施；國際拳擊總會（IBA）召開國際記者會後，府院整合步調，由國際奧會第一時間發布聲明駁斥IBA，隨後體育署接力為選手發聲。知情人士說，賴清德責請相關部會研擬對IBA提告，捍衛我國選手名譽與權益。
知情人士表示，府院在100天以來主打「團體戰」，7月凱米風災造成中南部縣市豪雨成災，颱風過後首日，與以往行政團隊緊跟總統、院長大部隊視察的情況不同，賴清德與行政團隊「兵分四路」勘災，除了他自己，卓榮泰、行政院副院長鄭麗君、國防部長顧立雄在同一天上午分別前往全台6縣市關心災情；風災過後連續3日，行政團隊持續在全台不同縣市進行勘災及善後處理，並針對不同縣市受到的災損給予對應的政策補助。
此外，賴清德就職滿月時宣布成立3大委員會，包含「國家氣候變遷對策委員會」、「全社會防衛韌性委員會」及「健康台灣推動委員會」，賴清德在委員會時強調，部會在委員會進行報告時都已向行政院長卓榮泰報告核定過，總統府積極與民間對話、向國際汲取經驗並研擬戰略性策略方向；行政院則實際進行政策擬定、預算配置與細節規劃，府院各司其職，期盼以最快速、有效率的方式來因應台灣所面臨的挑戰。 （相關報導： 101新董座賈永婕政商人脈一字排開 夫家政治獻金捐給綠營這些人 ｜ 更多文章 ）
知情人士表示，國會擴權案憲法法庭攻防也是府、院、黨團，分別進行針對《立法院職權行使法》等修正案違憲疑慮的部分進行分工與論述，與總統相關的國情報告、與行政院相關的藐視國會罪、國會調查權等，府院黨團也分工向國人說明《立職法》違憲侵害人民的權利。
