針對雞蛋專案進口爭議，農業部長陳吉仲、中央畜產會董事長林聰賢雙雙下台，引來是否有派系鬥爭等疑問。對於相關過程，一黨政人士向《風傳媒》說明，一直以來，不同層次府院黨會議都是協同作戰，其中分成好幾個層次，都是要把事情解釋清楚，並沒有誰鬥誰、誰要誰下台的問題，高層從來沒有這個態度。同時，政務官本來就是為了政策負責，府院黨高層都會就議題討論、溝通，進行危機處理，也從來沒有放任陳吉仲獨自面對。
不過，前述人士指出，藍白陣營打蛋的問題，從打超思、打到岸進口價、暴利的經費等不斷轉移焦點，但是以蛋做為主要的議題進行轟炸，在一開始時，面對國民黨相關人士的攻擊，陳吉仲原本都想一個人澄清，原先輿情預判，應該是會在陳吉仲針對謠言進行告發時就結束，議題也開始冷卻，但不料，台農蛋品董事長涂萬財出面砲打農業部「要他一人擔」、進口蛋效期標錯後，又讓藍白陣營抓到政治操作點，導致輿論再度延燒。
前述要角提到，針對台農的相關說法，雖然農業部第一時間還原，並且進行釐清，但議題發酵超過損害控管範圍，甚至議題打歪成食安問題，導致不可控性變高，也難以再去有效澄清，最後陳吉仲、林聰賢兩人雙雙辭職負責。但在這議題攻防的過程中，府院黨絕對都是協同作戰，也共同處理，沒有派系鬥爭的問題。舉例來說，行政院副院長鄭文燦在過程中，也有出來替陳吉仲說話，並且協助澄清相關謠言、爭議。
在陳吉仲確定下台後，民進黨重新定調輿論，由民進黨立法院黨團今（21）日公布中共干預台灣大選「六部曲」，包括共機共艦擾台、禁止農漁產品輸出、統派團體干擾選舉、補助親中人士機票、共諜組織滲透軍營、中國外交系統公然打壓等。相關黨團幹部也呼籲，在野黨切勿附和及見獵心喜，國人別上當或被分化滲透，以保障台灣的民主自由。據悉，相關說法、論述，是經由輿情會議所定調。
一民進黨內人士說，不可能有人逼宮總統蔡英文，因為這沒有合理的動機、目的，甚至如果說要推人取代陳吉仲也不對，因為剩下5個月就總統大選，在總統選舉後，不論誰當選，行政院都將面臨改組，時間點不合理。而面對派系鬥爭，目前為止沒有看到合理說法，如果沒有人事時地物的話，這樣的邏輯根本沒有辦法成立，所以並沒有派系鬥爭，也沒有誰鬥誰的問題。
