習近平上任後，透過各種方式架空國務院。在第一個任期中，便在黨內成立了24個領導小組或委員會，範圍涵蓋黨、政、軍、意識形態等各個領域，組長或主任由習近平本人或親信擔任，將原屬於國務院的多項業務移到黨內討論；第二個任期開始後，隨即通過《深化黨和國家機構改革方案》，直接調整黨中央與國務院機構，將多個國務院所屬部門改隸於黨中央；第三個任期開始後，又通過《黨和國家機構改革方案》，目前雖尚未開始進行部門調整，但也已猶如箭在弦上。
諷刺的是，在習近平任內兩次改革方案中，都表示推動機構改革的目的，是為「深化改革開放」，卻完全無視鄧小平、趙紫陽等前任領導對政治的改革理念，正是推動黨政分開。
二、權力分布由集體領導走向個人集權
伴隨著以黨代政之風日盛的必然結果，就是政府高層的權力分布將由集體領導走向個人集權。
文革結束後，為避免毛澤東時期個人權力高漲導致的種種弊端，中共開始實施集體領導制度。改革開放初期，由於中共元老多數仍在世，其中陳雲更是在1950年就成為政治局常委(遞補病逝的任弼時)，鄧小平則是到1956年才成為常委，使得當時黨內並無任何獨大的勢力，中共內部也流傳著「鄧小平有決定權，陳雲有否決權」之說。這種「雙核心」領導狀態，一直持續到1989年六四天安門事件，陳雲表態支持「以鄧小平同志為核心的第二代中央領導集體」後，鄧小平才在陳雲的溢美下，獲得「核心」稱號，但依舊維持集體領導。
胡錦濤時期，政治局常委各司其所職，權力分布達到高度集體領導或分權而治狀態；習近平上任以來，則透過重新取得「核心」稱號、排擠自家親信以外其他派系、將國務院職掌改隸黨中央等種種方式，將權力高度集中於單一個人，打破了自改革開放以來持續三十多年的集體領導制度。在高度以黨治國體制下，領導人意志能直接、高效地體現，做為行政機關的國務院將成為黨意志的執行者，做為立法機關的全國人大也將更深陷「橡皮圖章」窠臼，政策欠缺討論、監督的結果，個人崇拜之風也將愈發明顯。
兩次機構改革比較
習近平任內兩次推動機構改革，名稱雖相仿，但在各方面都有極大差異，歸納如下：
發布流程方面，第一次改革，是由黨中央做出決定後，交全國人大表決通過隨即實施；第二次改革，則是由黨中央與國務院聯名發布改革方案，但並未交由全國人大表決。流程不同的原因不明，有評論認為係因本次涉及的項目較為敏感，因此不適合拿到全國人大討論。
改革廣度方面，第一次改革，不同於改革開放以來主要圍繞於經濟體制層面的改革，而是一次多領域、全方位的改革，對黨中央及國務院所屬業務做全般性重整，力度及涉及部門皆堪稱歷次之最；第二次改革，則偏重於金融及科技兩個特定領域，與過去僅聚焦於特定議題的改革較接近。
