改革方案公布後，這個媒體臆測的「超級東廠」並未出現在項目內。對此，陸委會諮詢委員張五岳分析，中共中央目前已有國家安全委員會，主席及副主席分別由中共中央總書記、國務院總理、全國人大委員長擔任，已是黨內最高權力機關，另設新機構意義不大；《德國之聲》則認為，習近平或許原本有此意圖，才會透過媒體放出試探風聲，結果發現社會各界、國際輿論反彈過大，且黨中央目前已實際架空國務院，掌握了公安部、國家安全部主導權，因而選擇及時收手，但未來仍不排除在時機成熟時再次操作。
機構改革的政治意涵
習近平兩度推動機構改革，在政治層面的意涵，係反映黨政關係由黨政分開走向以黨領政、權力分布由集體領導走向個人集權。
一、黨政關係由黨政分開走向以黨代政
中共雖採取以黨領政制度，然而在過去，黨、政之間仍有一定分野，習近平則全面將決策權集中於黨中央、國務院淪為執行單位。
中共建政初期，毛澤東曾有「西花廳車水馬龍，頤年堂門可羅雀」的感慨，意指政府要員都前往政務院(國務院前身)總理周恩來辦公處西花廳造訪，自己的辦公處頤年堂則相對冷清。為避免政務院權力過大，毛澤東於1952年主導通過《關於增設中央人民政府機構的決議》，決定增設獨立於政務院、且與之平級的國家計畫委員會(簡稱國家計委)，並將與經濟相關的13個政務院部門移撥，使國家計委又有「經濟內閣」之稱。
之後隨著毛澤東對權力控制欲望提高，黨、政之間的天平，逐漸向黨的方向傾斜，至文革時期達到高峰，因此在改革開放後，鄧小平積極推動黨政分開。他曾表示：「要下決心改變黨員高於一切群眾、支書高於一切幹部、黨組織高於一切組織的狀況。黨委不能再包攬一切、干預一切」、「(黨的)各級領導機關，都管了很多不該管、管了也管不好的事」、「政府的婆婆太多，事事都要由黨委討論，嚴重影響行政效率。」1987年9月，時任中共中央總書記趙紫陽在中共第12屆7中全會，以黨政分開為主題發表講話，認為黨中央僅應對「政治原則、政治方向和內政、外交、經濟、國防等重大決策方面實行領導。」同年10月，趙紫陽更在中共13大政治報告中明確揭櫫：「政治體制改革的關鍵首先是黨政分開。黨政分開即黨政職能分開。」
1989年，六四天安門事件後，趙紫陽遭廢黜，鄧小平決心加強對黨的控制，中共在政治領域的改革也告一段落。然而在江澤民執政初期，由於擔任國務院總理的李鵬曾為其上司(六四前，李鵬是中央政治局常委兼國務院總理、江澤民是中央政治局委員兼上海市委書記)，本身又有太子黨背景(據傳為周恩來養子，但李鵬在回憶錄中否認)，使得國務院仍保有高度自主性；1998年，朱鎔基接續李鵬擔任國務院總理後，因在經濟領域才能卓越，本身作風又相當強硬，被冠以「經濟沙皇」稱號，國務院仍能在相當程度上不受黨的干預；2003年，溫家寶接任國務院總理，由於擔任中共中央總書記的胡錦濤不再具有「核心」地位，9名政治局常委之間的關係大致平等，基本互不干涉他人所屬業務領域，被形容為「九龍治水」。
