曾與前總統李登輝關係很好的中研院前院長李遠哲，於節目《新聞不芹菜》中提到，原本2人無事不談，但在1996年選總統時，李登輝看到民調不好，又發現外界批評李遠哲時，李登輝的民調就會衝高，因此想邀請李遠哲擔任行政院長，但李遠哲表示自己想從事科學工作拒絕邀約，不料李登輝非常生氣，從此變得非常不友善，事後跟李登輝打招呼，李登輝連理都不理。
談到教改成敗爭議，李遠哲強調，廣設大學和高中不是教改審議委員會提議，而是民間教改團體所提出，且當時因為政府沒經費辦好的學校，所以希望設立好的高中跟好的大學，而不是浮濫設立，並透露台積電董事長劉德音還沒接董事長職位時，曾表示教改很不錯。
李遠哲：廣設大學高中不是教改審議委員會提議
李遠哲提到，曾有監委說要調查教改工作，要求他到監察院出席備詢，但李遠哲認為自己並沒有為了教育，用政府預算做任何事，只是在諮議委員會中提出看法，對於要到監察院接受審查感到非常困惑，後來經過詢問大法官，大法官也說，如果真的去了就鬧了「憲政大笑話」。
李遠哲重申，教改審議委員會走訪全台，和很多老師一起討論，後來提供些建議，包括教育鬆綁、普及等，要用來做「質」的提升，但廣設大學跟高中不是委員會的提議，而是民間教改團體所提出，當時講的也沒錯，因為政府沒有經費辦好的學校，所以當初是希望設立好的高中跟好的大學，而不是浮濫設立。
李遠哲話鋒一轉提到李登輝，指出自己過去跟李登輝的關係很好，無事不談，但在1996年選總統時，李登輝看到民調不好，又發現外界批評李遠哲時，李登輝的民調就會衝高，因此想邀請李遠哲擔任行政院長，但李遠哲回覆表示自己想從事科學工作，因為政治工作做很多事情都要妥協，他並不擅長，所以拒絕邀約，不過李登輝非常生氣，從此對他非常不友善。
李遠哲：李登輝下屬痛批我要把台灣教育連根拔起
李遠哲回憶，後續教改審議委員會報告書送到李登輝辦公室時，李登輝下屬就痛批他是要把台灣教育連根拔起，讓李遠哲感到很失望又難過，也有很多人不諒解李遠哲為何不接任行政院長，甚至後來有次在音樂會上，李遠哲要跟李登輝打招呼，結果李登輝連理都不理他，但李遠哲仍尊敬李登輝對台灣民主化做的努力，只是仍然不能諒解，為何不當行政院長，就被這樣處理。
李遠哲爆料，後來南港區有位黑道大哥要選舉，他聽到時感到很可怕，因為當時多席次的複數選舉，只要獲5%就能當選，得知此消息後曾和李登輝報告，但李登輝要李遠哲不要管這些事，做好學術就好，因為李登輝原先認為該名黑道大哥不敢選，但沒想到後來黑道大哥竟然選上，且發現總統大選時，那位黑道大哥反成李登輝樁腳，所以自己跟李登輝的關係也再急轉直下。
