一九九六年六月，時任法務部長的馬英九因為抓賄選，社會聲望達到了高峰，却得罪了與李登輝親近的立法委員們，特別是諸多身兼黨職的立法委員，在中常會上痛批馬抓賄選的作為無異於亡黨，馬英九因此被拔掉了法務部長的職位。丟官下臺後，一度傳聞馬英九可望出任新聞局長，卻是只聞樓梯響，始終未能成真。最後李登輝拍板定案，馬英九轉任行政院政務委員，但從法務部長轉任光桿政務委員，如同從人車喧譁、業務繁忙的大衙門，貶入兩位政務委員共用、只配了一位祕書的小辦公室上班，與被打入冷宮無異。
一九九七年五月白曉燕案發生，馬英九發表「不知為何而戰」、「不知為誰而戰」談話，隨即辭去政務委員。八月，轉往政治大學擔任專任副教授。任教期間的馬英九並不寂寞，一位粉絲提供了信義路四段四○一號的辦公室讓他使用，還有祕書幫忙接聽電話，他還兼任中國國際法學會副理事長。
一九九八年，臺北市長任期屆滿改選，國民黨中央希望從陳水扁手中奪回市長寶座，經過多次民調結果，在諸多考慮人選中，唯有馬英九能勝過陳水扁，國民黨祕書長許水德授意馬多去各種國民黨籌辦的造勢活動走動。
當時凍省的論調喧囂塵上，在一次由王作榮出面，假臺大校友會館主辦的「凍省」研討會裡，我與當天的專題報告人之一馬英九隔鄰而坐。記者們一見到馬英九抵達紛紛蜂擁而上想採訪，馬說：「我口渴，等我喝口水再說好嗎？」有記者立刻雙手送上一杯白開水，坐在對面的幾位教授見狀當然不是滋味，不以為然地說：「大家同樣都是教授，為什麼他能獨享這種待遇？」
待馬英九坐定，我問：「你真的不參選臺北市長嗎？」他告訴我，祕書長打電話要他盡量去參加各地黨部辦的造勢活動，他也確實很認真的自己開車去跑攤，但抵達某些造勢現場時，主辦單位的工作人員見到他往往很驚訝地問：「你今天怎麼會來？我們沒有安排你的座位！」馬說：「跑了一陣子以後，我發現他們根本在騙我。所以我才一再表示，不會參選臺北市長。」
試想，任何人接到黨中央祕書長的電話，被告知應該多去各個黨部參加動員造勢活動，卻處處碰壁受辱，有這種反應其實很正常。名嘴與媒體一再重覆敘說與報導馬英九講了「兩百次」不選臺北市長，不免有些故意誇大其辭，事實上並沒有人能提出任何數據，證明他說了多少次不參選，「兩百次」只是個隨便說說的數字。說穿了，目的就是要修理馬英九而已。
然而，面對挾高聲望與高支持度競選連任的陳水扁，馬英九是絕大多數國民黨內人士，包括當時的祕書長許水德在內，公認最具勝算的人選，黨內所做的民調亦顯示如此；黨主席李登輝卻另有屬意人選，首選為蕭萬長。黨內對提名人選意見分歧。
然而，蕭萬長在民調結果顯示沒有勝選可能後，向李表態謝絕，擔任過行政院祕書長的趙守博與臺中市長胡志強也都在李登輝的考慮之列，趙、胡二人也當仁不讓，躍躍欲試。 （相關報導： 筆震觀點：您可能不喜歡馬英九的建議，但它們有用 ｜ 更多文章 ）
最後，在黨內諸多重量級大老出面之下，馬英九與父親馬鶴凌終被說服，在候選人登記當天由吳伯雄陪同前往登記，吳並擔任馬英九競選後援會總會長，以平衡黨內大老與馬英九的外省籍形象。
