中研院組織與預作改進委員會報告今（3）日下午登場，並針對院士提案進行表決，提案多為針對政府科技、研究政策之規劃，然而值得注意的是，會中人文及社會科學組全體院士提案，針對國立大學校長遴選制度及遴選結果，建請教育部遵照《大學法》規定及精神，執行校長聘任事宜，儘管討論過程意見分歧，但全案最終表決時，仍以80票同意通過。
中研院組改會報告今日下午登場，除討論組織改革相關事務外，並針對院士各分組討論之提案進行大會表決。其中，人文及社會科學組全體院士提案，針對國立大學校長遴選制度及遴選結果，請教育部遵照《大學法》規定及精神，執行校長聘任事宜，尊重大學自主，教育部僅負責程序監督，不負責實質審查。
而組改會成員中，同時包含台大校長當選人管中閔、前教育部長吳茂昆，儘管2人今日皆未出席，中研院也特別強調，此案是針對通例，非針對個案，但敏感的場合與時機點，仍讓人認為是衝著台大校長遴選案而來。
大學校長遴選提案 杜正勝大力反對
對此中研院院士、前教育部長杜正勝發言時大力反對，表示這個案子是今早分組討論時，在臨時動議裡提出的，他個人當時就不贊成的。杜正勝說，這個提案是通案，但基本上有針對性，大學校長在威權時代都是教育部派的，民主化以後，要落實1999年的《大學法》 落實大學自主精神，但這時後的選舉是2階段選舉，先由學校組成遴選委員會，再報2至3個人選至教育部，由教育部由部長組成委員會，進行第二階段遴選。
杜正勝說明，大學自主的要求，其實是跟2階段的設計相牴觸的，他2004年到教育部去，說要落實大學自主，所以改為一階段遴選，這是2005年12月通過的遴選修正，但難道教育部就沒有責任嗎？大學領取國家經費，教育部長對此當然有責任，教育部不再做實質遴選，但負責程序監督，如果大學校長遴選在程序上有瑕疵，當然可以提出糾正。
杜正勝：只是給媒體增加一點話題
杜正勝也談到，就他觀察下來，教育部這段時間換了2任部長，一路走來都是進行程序監督，不是做實質審查或遴選，還是有守住2005年修法的基本精神，所以如果要叫教育部遵照《大學法》精神，他們大可說：「我就是這樣做，按照既有的法規」，杜也反問在場院士，「所以我們今天提這個案子意義何在？只是給媒體增加一點話題而已。」
院士丁邦新則解釋，今天要提這案子，是因為引起社會這麼大波動的個案，我們不得不表示做為一個院士該有的社會責任，教育部聘任過程中要怎麼說都無所謂，現在是不是可以落幕了？拖太久對政府聲譽非常不好。
廖運範：中研院學術殿堂倘入政治渾水，是不好的
院士廖運範則認為，這個事情其實已經落幕了，台大已經提起訴願、進入司法程序，現在提又會再吵起來，他認為此事過去參雜太多政治因素，中研院的學術殿堂倘入政治渾水，這是不好的。
杜正勝並再度提醒，提案後任何人的解讀都是中研院的立場，事實上大學校長遴選改為一階段後，開玩笑來說，教育部長的作用就是蓋印章，因為根本無法參與，他認為還是要回到教育部關注的程序有沒有違法，這跟什麼學術自由跟大學自主也沒什麼關係，但教育部依法還是要有監督責任。 （相關報導： 中研院院士會議》博士生難留！陳良基：在努力找財源，看能不能讓研究生月薪達5萬 ｜ 更多文章 ）
44人同意擱置 80票表決通過
在歷經約半小時的討論後，由於院士意見未有共識，且會議已超過表定時間，有多名院士提議擱置處理。對此主席裁示表決是否擱置，但僅44人同意擱置，未達出席人數138人之半數69人，而最後針對提案本身表決，該案則以80票表決通過，將作為中研院建請教育部之意見。
