台大校長管中閔遴選案持續延燒，台大今（9）日舉行校務會議，台大主秘林達德認為，教育部對陽明大學校長郭旭崧及台大校長當選人管中閔，在校長遴選過程與結果出現「差別待遇」，有違平等原則，而校務會議也決議將過程列入校史。教育部表示，未採取相同標準加以審核，是「臆測而非事實」，陽明大學在教育部聘任後才揭露，也要求陽明查明。
台大今日校務會議針對校長遴選事件，由台大主秘林達德進行簡報，也提出相關法律爭點，其中包含候選人與遴選委員是否有義務，揭露擔任同一間公司董事的義務，以及遴選程序及組織是否有違正當程序；另一項是教育部對陽明及台大，在校長遴選過程與結果出現「差別待遇」，有違平等原則。
對於台大、陽明雙重標準，教育部回應表示，這是「臆測而非事實」，陽明大學校長遴選程序中，召集人與候選人於遴選期間同時任同公司董事職務，是教育部聘任後揭露，教育部知悉後，在5月7日、17日兩度函請陽明查明實情，未來會以處理台大校長遴選案相同標準審視，依規定辦理。
教育部說明，台大6月4日送達的訴願書理由中，亦提及教育部於陽明大學案採差別待遇，由於兩案時間接近，遴選過程資訊未揭露情形，有相同亦有部分差異，基於《訴願法》第81條規定，受理訴願機關具有得視事件情節逕為變更決定之權限，為期依法行政。台大訴願書所提意見，未來行政院訴願審議委員會有所權衡並依法做出決定後，教育部會依訴願決定情形審慎處理。
教育部強調，自5月4日請台大儘速重啟遴選程序，迄今已逾1個月，是教育部依適法性監督的程序要求，而依照「台大校長遴選委員會組織及運作要點」第18點規定，「校長當選人因故無法就職時，由原校長職務代理人代行校長職權，並由原遴選委員會重新辦理遴選事宜。」呼籲臺大及遴委會注意遴選責任與依法行政。
