華創證券研究所分析師5月下旬發表的一篇文章談到，結合檢測量和單價變化，估計疫情至今的核酸檢測費用約3000億元人民幣，其中約一半花在了今年前4月。分析概括說：「單價線性下降難擋檢測量指數上升」。
分析認為，中小城市很難負擔得起這些費用，但中央政府顯然不願幫忙。中國國務院2020年5月發布的指導意見說，「應檢盡檢」所需費用由各地政府承擔，「願檢盡檢」所需費用由企事業單位或個人承擔。
總部位於上海的第一財經網站5月底發表題為「常態化核酸'地方財政可能撐不住'，中央應承擔部分支出」的文章。這篇發表不久即被刪除的文章說，一位地方基層的財政局長預計當地全年常態化核酸費用支出超過1億元，「地方財政可能撐不住」。
文章說，受疫情衝擊、退稅減稅、樓市低迷等因素影響，地方財政前4個月「一般公共預算」本級收入同比下降3.9%，以土地出讓收入為主的「地方政府性基金預算」本級收入，更是同比下降28.8%。
儘管如此，中國國家醫保局5月26日還是強硬回應：常態化核酸檢測費用由各地政府承擔——這意味著仍有3.6兆元「餘糧」儲備的國家醫療保險基金將不會分擔各地核酸檢測的大部分費用。
任麗倩說，中國國家醫療保險基金這次表態是「相當重大的政策指示」。她說：「從本質上說，這就切斷了常規檢測的資金。因此，地方政府……將不會去進行這麼多檢測，因為錢從哪裡來？」
「檢測公司也是很聰明的。他們現在很難從地方政府那裡拿到錢，因為許多地方政府沒有那麼多資金，所以對他們來說，他們也知道這些高利潤、非常頻繁的測試不會繼續下去。」
中央態度如此「絕情」，一些地區逐漸釋出要求民眾自費檢測的信號。四川園中、閬中等地5月底發出公告，要求在常態化核酸檢測中，居民應「自覺自費」檢測。
即便是在經濟發達的上海，政府部門在解封之前的新聞發布中暗示，全市常態化核酸檢測服務的免費期將持續到6月30日。這一消息給7月以後的檢測費用支付問題打了一個問號。
「對於許多城市，這項開支——除非中央政府願意介入——否則將是一項相當高的開支。」任麗倩說。「這將是中央政府和地方政府之間、地方政府和人民之間的一場博弈。」
文貫中：「自費」下的「自願」難以維繫
著名經濟學家、美國三一學院經濟系終身教授文貫中說，打著「自願」口號的「自費」要求是一種荒唐的防疫措施。
他對美國之音說：「民眾對政府的不信任是廣泛的存在，所以如果再加上以後第一是'自願'的，第二是'自費'的，我覺得這種控制疫情的方法……就無法進行下去。」
