但封鎖醫學部本館，引起普通人的反感。每天必須觀察細菌組織的培養，東京都內以及附近各縣醫院送樣檢察，因此「研究的自由」被學生剝奪。並且涉及患者生命這一嚴重的問題。但是「青醫連」指出越戰下日本的大學研究室獲得美軍資金。已經向體制賣身。醫學部與其他學部一樣，研究成果用於海外侵略戰爭。東大已經成為共謀犯。
不久，封鎖研究室戰術擴展至全校。1968年11月學生解放戰線傳單上出現「東京帝大解體」。聲稱「大學自設立以來，一直為日本高等教育中心，並為權力體制服務。必須解體帝大，必須挖出巢食我們內心的精英意識。」
1968年10月8日的「新宿阻止美軍油料列車鬥爭」，21日 為「國際反戰日」，發生「新宿事件」，大量群眾跟學生湧入新宿車站，這些群眾不是與學生的革命思想共鳴，而是藍領勞動者，是大量來到東京的青年，他們的參加是為了發泄淤積在心中的積鬱。
1969年1月18日，機動隊8500人進入本鄉校園。東大教官給學生發傳單，上面印有加藤代理校長的呼籲。此時校方認為東大鬥爭已變質，而是借東大為場所的政治鬥爭或黨閥鬥爭。呼籲學生扔掉角材，脫下頭盔，回歸教室，共同商討學問研究以及大學改革諸課題。
實際上，安田講堂攻防戰前夜，全共鬥失去了一般學生的支持，大多數學部解除了無限期罷課。媒體對東大全共鬥也冷談。各種顏色的頭盔象徵一盤散沙，這時來了不少外校生和浪人的支持。
機動隊原則，吸取60年樺美智子與67年山崎博昭的教訓，不出一個死者，絕對不製造英雄。
神田學生街舉行遊行，但「解放區」被機動隊阻止，無法到達本鄉校園。四百多「越平連」遊行，也只有二十多人突破了機動隊防線。
1月19日，鐘臺廣播最後一次播出：全國學生、市民、勞動者們，我們的鬥爭絕沒有停止。哢嚓停止。
學生被捕983人。負傷369人。安田講堂紅旗落下，日章旗升起。
1969年1月20日，佐藤首相視察東大，決定停止入學考試。
道浦母都子的短歌集《無援的抒情》，其主題表現學運的挫折與運動後的孤立，全共鬥世代的象徵文學。
記者立花隆進入講堂尋找牆壁上的口號有如下幾類：
1：政治性的對立。諸如「民青馬鹿」。「邁入世界革命的第一步」。
2：我們渴望生，因而奮起革命。
3：共產主義就是日日否定自我而新生。
4：打油詩：《我的遺書》
再見，我的愛人。再見，那個快樂的夜晚。暫時分別。
愛人，最後一天是如此柔和美好。你對這個世界仍然依戀，但為革命暫上生命。渴望成為人的人，為什麼會被看做非人？絕望，更絕望。我的靈魂。
爹，娘，謝謝。再見。
日大全共鬥運動中，學生扔石頭，一名員警死亡。這是學園紛爭中第一位員警死亡。據佐佐淳行記載，這之前警視廳對日大鬥爭持同情態度。在校園內要求民主化，基本不管，若出校園武裝暴力就嚴厲取締方針。
1969年5月，日大鬥爭中被逮捕學生997人。鬥爭結束後前後退學近一萬人。
＊作者現任教於日本神戶大學。中日雙語寫作者，翻譯者。日語譯有《從天安門到08憲章》、《殺劫》等，漢語有《這條河，流過誰的前生與後世》《沒有墓碑的草原：內蒙古的文革大屠殺實錄》（合譯）。本文為作者應邀於龍應台文化基金會「思沙龍」以〈日本：1968的思想與行動探索〉為題的演講完整版（之二）。授權轉載。
