另外一個由李登輝總統主導的修憲議題，則是取消立法院的閣揆同意權。
該次修憲之前，李總統曾經提名其競選搭檔連戰副總統出任行政院院長，卻遭到在野黨以之為違憲的挑戰；李總統拒絕出席憲法法庭的言詞辯論，嗣後大法官做出的憲法解釋（釋字419），
看似模擬兩可，但是仔細分析之後就會發現，大法官是以極度含蓄的方式指出，將副總統兼任閣揆說成違憲，「雖不中亦不遠矣！」六個月之後，連副總統自動地交卸了行政院院長的職務，這才免去了政壇上根據憲法解釋對於兼職一事的指指點點。
總統任命自己的副手擔任行政院院長，原是蔣中正總統所發明、用來駕馭行政院院長的辦法。李前總統依樣畫葫蘆，不能算是成功；但是他似乎發現，直接改動憲法取消立法院的同意權，逕由總統直接任命行政院院長，其實是駕馭行政院院長而使之聽命，一個更好的辦法。
當時在修憲中與立法院交換同意權的手法，是在憲法中加入立法院的倒閣權；但是李前總統應該早就看得出來，倒閣可能招致解散國會，沒有立法委員會願意，在自己的任期尚未屆滿時即提前重新改選，所以倒閣的事件根本不會發生。修憲後的歷史已經證明，總統取得了閣揆任命權，倒閣則是一次也沒發生，連在野黨立委也從來沒有認真祭出過倒閣做為政治武器。既然是立委們自己不加使用，抱怨憲法賦予這項武器無用的話語，也說不出口。
修憲完成之後，李總統欽點的行政院院長，正是在國民大會之中領軍完成此項修憲任務的蕭萬長先生。蕭院長也在李總統所餘的任期之中，一直深受信任，配合無間，擔任行政院院長直到李總統卸任。李總統的修憲策略，似已完全奏效。
憲法是限制總統權力的規範。不滿憲法限制過嚴的總統，想要修憲擴張自己的權力位置，蔣中正總統是第一位，歷史上招來「政治強人」的嚴重負面憲政評價，良有以也。李登輝總統用自我加設限制的方法，取得了提倡修憲的正當性位置，遂能一而再、再而三地利用修憲提昇總統的政治影響力與權力基礎，還得到了民主先生的稱號，不能不說是個民主憲政的異術！這是因為他個人的政治手腕加上政治魅力使然，還是因為台灣在憲政學步期間的憲政警覺不足，還是兼而有之？恐怕只能留待後人評説。
現在，永遠的李總統在數度領導修憲、確立了總統做為民選國家元首的憲政權力架構之後，忽然發聲支持修憲改採內閣制，但是對於過去曾由自己所主導全然相左的修憲方向，卻又看不出來他有任何懊悔的意思；袖裡乾坤，委實莫測高深。識者旁觀之餘，不禁又要為六十五年以來命途多舛的憲法，揑上一把冷汗！
＊作者為東吳大學法研所、台灣大學政研所兼任教授
