前民進黨主席施明德投書《蘋果日報》，質疑馬英九總統在2012總統大選時競選經費申報不實，以及暗助頂新集團在台經營。時隔一日，總統府與國民黨同步發出新聞稿駁斥，強調馬英九與頂新集團毫無關係，也沒有隱匿競選經費情事。
《蘋果日報》元月1日刊登施明德投書「給馬英九的歲末夜語」一文，質疑馬英九匿報2012總統大選經費帳目，以及在總統府內聽取頂新集團負責人魏應行與雲林縣農業處長的簡報，隨後並指示農委會主委陳保基與魏家開會，暗助頂新取得兩岸農產品統包及101經營權等。
對此總統府在2日晚間發出聲明稿說明，魏家乃於2012年春節前到總統府「禮貌性拜會」，言談間提及頂新營運現況與彰化祖厝整修情形，但並未請託任何事情，馬英九也沒有交辦任何事項。
聲明稿指出，魏家與陳保基的會面是在府內會見的6個月之後，兩者並無任何關連；陳保基也已一再說明澄清，並未接獲馬英九任何指示。
總統府同時強調，頂新集團在國內各類投資行為，均由各主管機關依現行法規處理，「完全由市場機制決定」；影射政府包庇頂新等說法，全係憑空捏造，完全不符事實。
總統府表示，任何人士在指控之前，請提出相關證據，不要以訛傳訛，總統府歡迎外界之檢驗。
而國民黨也針對總統大選經費一事指出，2012年馬英九競選經費均依相關法規辦理申報。國民黨發言人陳以信說，由於當年是馬英九第二次參選，大型選舉造勢活動比第一次參選少，也較民進黨候選人少；加上當年總統和立委合併選舉，國民黨採聯合競選模式，相關競選廣告多以國民黨名義登出，因此競選總部的支出也較少。
陳以信說，每位候選人風格不同，不能說花得少就是匿報；國民黨或馬吳全國競選總部，絕對沒有匿報或偽造帳目情事。
