人們也在懷疑，失蹤馬航客機是否遭到騎劫或恐怖襲擊。美國聯邦調查局官員在調查兩名冒名登機者的指紋對照、購票記錄及確定其中一人身份後，基本上排除了這兩人為恐怖分子。這兩人使用假的奧地利和意大利護照登機，並計劃在北京中轉，目的地是歐洲的阿姆斯特丹和法蘭克福。大馬警方確定，其中一名持假護照登機的神秘乘客是一個十九歲的伊朗人，他試圖移民德國；當局是在接獲該名男子的母親電話後，才證實男子的身份。國際刑警宣布另一冒用護照登機者也是伊朗人。據泰國警方官員說，名為卡齊姆阿里的伊朗男子在泰國為這兩人訂了這兩張票，受理訂票的女職員並不認為「阿里先生」與恐怖主義有聯繫，因為他訂票時並未明確指定要訂吉隆坡飛往北京的航班，只是要求預訂飛歐洲的最便宜線路的機票，聲稱他的兩位朋友要回歐洲的家。女職員說，最初旅行社方面訂的是卡塔爾航空，後又改為阿提哈德航空，最後又由於「機票最便宜」，遂改為與南航代碼共用的馬航。
由於兩名遺失護照人士都聲稱，分別是在去年和前年在泰國被偷護照，事件也暴露出泰國已成假護照買賣重地。經國際刑警組織調查，全球有四千多萬本護照遺失，已成全球安全隱患。
馬航失蹤班機如果最終證實為墜機，這不但是二零零一年以來最嚴重國際空難事故，也是民航史上最離奇的空難之一。此次事件讓許多家庭痛不欲生，也讓國際社會有個攜手合作的機會，共同打造一個安全飛行的世界。
