4、 第三方權益（親師生）問題
實驗教育三法與行政契約並沒有明訂保障第三方權益（親師生）的，以人文為例，當學校被收回時，為追求特定理念，克服萬難舉家搬遷入籍到宜蘭租屋、置產的家庭，頓失所護，不但權益盡失，而且前途茫茫，心中之焦慮不在話下。
5、 教審會非實驗教育專家組成問題
教審會委員無邀請熟悉實驗教育的人士參加，試問不熟悉實驗教育的人，如何站在實驗教育的立場能夠做到公平審議？此審議會的能力受到質疑。建議應該以「實驗教育審議會」來審議公辦民營實驗教育學校。
6、 特教生與排除特教法限制問題
特定理念的學校，因為無法拒絕學生，往往成為安置個殊學生的學校，入學家庭不見得認同特定理念，但是個殊生比例卻會越來越高（不一定有手冊能夠獲得政府資源協助），因此造成教師重大負荷，學生收費問題又無法解決，政府也沒特定補助，此也成為了此類型學校的重大問題，且理念學校對於學生之輔導、調育與融合教育有其特定的方法，與一般學校特教政策也不盡相同。學校被收回，這群學生家庭非常焦慮，而無處
可去該如何解決？
7、 地方政府的觀念未轉化跟進，無專業專責單位，需教育部輔導與協助
地方政府官員異動頻繁，新任長官與公務人員不一定熟悉實驗教育業務，又無設立實驗教育專責單位（目前所知僅有台中市將設立實驗教育專責單位單一窗口服務實驗教育單位），目前委由實驗教育研究發展中心處理相關業務。此現象需要教育部與台灣實驗教育推動中心做進一步的輔導與協助。
人文國中小的歷史事件，對台灣實驗教育的影響為何？
曾經獲獎無數、評鑑上獲得甲等，經常被媒體採訪報導人才輩出的人文國中小，突然被縣府收回承辦權，促使人文在學家長、教師與學生奮起陳情與連署，在FB發佈懶人包說明事件源由，寫下許多激憤、感人肺腑的留言、直播，抗訴政府進行審議之程序粗造與不公不義，為維護學生學習選擇權、家長受教權、教師工作權等等，展開一連串的護校運動。猶如歷史事件般如森林野火繼續延燒到變成全國事件與國際事件，IDEC國際團體與香港的實驗教育團體開始關切人文的存續，並傳達聲援與關心支持之意，Good Lab創辦人, 香港兆基創意書院校監, MaD創不同創辦人, 香港當代文化中心總監黃英琦 Ada Wong支持人文的一段話：「當世界不同角落的教育工作者都在迫切的反思教育和重新想像「學校」，台灣早就在做，其實驗和多元教育空間一直令人欣羨，也帶領著亞洲各地具同樣信念的教育創新者。因此，對人文的辦學權突然被政府收回，我感到非常驚訝和痛心。是不是搞錯了？人文學校是台灣的驕傲，我認識不少人文學校的畢業生和學生，他們有想法，有承擔，分析力和領導力強，非常出色，是具素養的青年。我們已進入人工智能時代，誰還會再在分數和考試中糾纏？我肯定人文學校的努力，希望宜蘭當局收回決定！另類教育的蓬勃，是台灣學制特色，請政府千萬不要萎縮這些學校的空間。讓人文學校繼續辦學，啟發更多有心改變教育的創新者。」
