當時的中國國民黨，還不是中國的執政黨，且中國在北洋政府統治下仍處於四分五裂的狀態。所以杜波依斯期許比中國早一步走上現代化的日本能扮演「導師」的角色，帶領中國一起為全世界遭到白人殖民統治的民族伸張正義。顯見在1919年巴黎和會上提出種族平等議案，卻遭到英美兩國打槍的日本，對杜波依斯而言比中國更有資格領導這個有色人種聯盟。
中國與印度能提供廣大的人口與資源，讓這個有色人種聯盟在日本的精明領導下形成與白人「帝國主義」抗衡的強大力量。設想日本的零式戰鬥機、大和號戰艦、赤城號航空母艦再搭配上中國的軍人，將給西方主導下的全球秩序帶來多麼恐怖的破壞？只要日本與中國能夠團結起來，美國的黑人就有獲得解放的機會，所以對於孫中山先生的親日主張，杜波依斯給予100%的支持。
欠日本「教訓」的中華民國
顯然杜波依斯等黑人激進領袖把世界看得太過於簡單，也太過於的二分法。既然來自英國與德國的白種人，都能夠在第一次世界大戰中彼此殺個你死我活，亞洲國家之間又怎麼可能完全沒有矛盾？孫中山去世後，掌握軍事大權的蔣中正於1927年下令清黨，將反對英美「帝國主義」的左派力量從中國國民黨內清除出去，形成了國民黨與黑人民族運動的第一道裂痕。
等到北洋政府被推翻之後，國民政府又在蔣中正領導下放棄了往日的「革命外交」，並延續北洋政府接受了以《九國公約》（Nine-Power Treaty）的華盛頓體系，形同宣佈中華民國加入英美領導的國際體系。杜波依斯不免對孫中山的繼承人感到失望，認為他們長期接受歐美國家的精英教育，已經從根本上遠離了中國的底層人民。
蔣中正雖然留學日本，卻仍在妻子宋美齡影響下信仰了基督教，讓杜波依斯不免質疑他們服務的對象不是歐美資本家就是白人傳教士。既然國民黨的領袖們遠離了自己的人民，那麼就應該由日本人來好好教育國民黨領袖們如何當「堂堂正正的中國人」。所以自1931年「九一八事變」爆發以來，杜波依斯就堅決的與日本站在一起。
他一廂情願的認為日本人與中國人都是黃種兄弟（Yellow Brothers），本身之間應該沒有不可調和的矛盾，如果有的話一定是由歐美白人煽動起來的，目的是要防止黃種人聯合推翻白人的秩序。與杜波依斯抱有相似看法的黑人民族運動者還有黑人聯合通訊社（Associated Negro Press）的皮肯斯（William Pickens），他強烈反對蔣中正引進西方國家的力量來對付日本。
皮肯斯認為，蔣中正應該直接尋求與日本政治協商解決雙邊衝突，因為沒有什麼問題是「自家兄弟」沒有辦法商量的。如果蔣中正堅決要以武力抵抗日本侵略，那就是中了「白人帝國主義」見縫插針的計，讓黃種人陷入自相殘殺的無限循環。1936年，杜波依斯在日本駐美國大使齋藤博安排下來了一趟遠東之旅，參訪了滿洲國、中華民國與日本等三個亞洲國家。
