然而加入美國的體制，尤其是加入美國的軍隊，看在杜波依斯眼中證明的不過是個別黑人對美國的忠貞，並沒有辦法從根本上改變黑人在美國的待遇。畢竟無法進入美國政府或者軍方體系工作的黑人，永遠比能加入的黑人還要多。而且美國的政治與軍事體系終究是由白種人所建立，加入這套體制的黑人效忠的對象其實還是白人統治精英。
所以對於體制內改革這條路線，杜波依斯是徹頭徹尾的反對。他指出黑人在美國當了兩個世紀以上的奴隸，並在獲得解放後仍深受種族隔離制度之害的原因來自於歐美白人的殖民主義。而全世界黑人的發源之地非洲，直到20世紀都還在接受歐洲帝國主義國家的殖民與支配。所以杜波依斯主張全世界的黑人應該團結起來，建立以打倒殖民主義為宗旨的泛非洲民族主義。
可是後來他又發現，遭受白人殖民主義壓迫的有色民族不是只有黑人，還有以日本與中國為代表的黃種人。而黃種人與黑種人的人口加起來，肯定是超過全世界的白種人，於是杜波依斯又從「團結大多數，孤立一小撮」的角度出發，主張所有的有色人種應該聯合起來推翻殖民主義。他對擁有4億人口的中國，抱有相當強烈的期許。
這是為什麼杜波依斯在1909年，與其他黑人運動領袖聯合創建美國全國有色人種協進會（National Association for the Advancement of Colored People）的原因。無論是在美國國內還是國外，要打倒白人壟斷地位的唯一方式就是有色人種要努力團結到一起。此外杜波依斯深信殖民主義的根源是資本主義，這不免讓他的政治信仰從一開始就偏向了社會主義。
期待日中聯手解放黑人
杜波依斯等黑人民族主義者對中國國民黨的認知，就如同19世紀末到20世紀初的日本、印度還有越南民族主義者一樣，是由原本的高度期待走向徹底失望的。孫中山領導的中國國民黨，從1923年起與蘇聯還有中國共產黨建立合作關係，並對歐洲殖民主義採取高度的批判政策，與反對帝國主義和資本主義的杜波依斯在思想上高度契合。
然而蘇聯雖然是世界上第一個共產主義國家，可領導蘇聯的俄羅斯人在人種上仍是與歐美一樣的高加索人，這讓他對共產國際領導的世界革命或多或少存在著不信任感。杜波依斯所真正渴望的，是由亞洲、非洲還有拉丁美洲的有色人種團結起來，建立一個沒有白人主導的世界革命運動。唯有把白人徹底的排除，才能徹底顛覆帝國主義的舊秩序。
在非洲國家仍被歐洲殖民，拉丁美洲仍是美國後花園的情況下，杜波依斯只能把希望寄託於亞洲人身上。孫中山在《民族主義》第三講中「把各弱小民族都聯合起來，共同用公理去打破強權」的主張，還有他於1924年11月28日神戶演說中提及的「大亞洲主義」，都讓杜波依斯對中國國民黨產生了高度的認同感。
