前陸委會副主委張顯耀案衝擊兩岸關係，周邊國家同表關注，然而馬英九總統2日在接見東京大學「兩岸關係研究小組」學者訪團，提及兩岸關係近況時，仍沿用過去舊稿，肯定王張會不僅具象徵意義，對陸客中轉、互設辦事機構等議題有實質突破，隻字未提近來發生的變化。
由東大副校長暨日本國際政治協會理事長田中明彥等7位學者所組成的「兩岸關係研究小組」，2日拜會總統府，就兩岸關係與台日關係交換意見。
然而馬英九在接見中除重申台日投資協定、台日漁業協議等雙邊關係進展外，在提及兩岸關係近況方面，仍維持一貫肯定兩岸簽署21項協議等成果。他表示，陸委會主委王郁琦及中國國台辦主任張志軍於今年2月及6月先後互訪，是兩岸分治65年來兩岸事務主管官員互訪並互稱官銜，不僅具象徵意義，更有實質意義。
馬英九說，尤其是張志軍6月訪台時，針對兩岸僵持很久的議題，包括陸客中轉、兩岸互設辦事機構中的人道探視問題，以及兩岸經濟合作，共同加入TPP和RCEP的方法與路徑圖等，都具體交換意見。馬英九表示，這表示雙方互訪不只是象徵性的意見，也在特定議題上有所突破，雖非一次會晤就能解決問題，但雙方都展現了繼續協商的誠意。
在台日關係方面，馬英九敘述了日本寶塜劇團來台演出，以及台北故宮赴日借展等進展，並再次提到今年雙方旅客互訪人數可望突破400萬人次。或許是受到日前接見日本訪賓時，馬英九打趣要日方為來台觀光客人數太少「檢討」，遭到輿論批評，馬英九2日在提及雙方觀光客人數不平衡的問題時，僅表示應該「想法子來努力一下」。
