總統蔡英文任命賴清德出任行政院長，有效拉抬了低迷已久的民調滿意度，但政壇仍普遍認為蔡、賴個性不同，對包括兩岸政策在內的看法也有差異，兩人互動勢必考驗不斷。
果然九月二十六日，賴首度到立院備詢，就創下閣揆在國會公開支持台獨的首例，既挑動中、美兩強敏感神經，更搖撼蔡「維持現狀」的兩岸政策。
藍委質詢功力差，反做球給賴揆
但賴這番挺台獨的表態，歷經近十天來的發酵，似乎並未傷及蔡、賴互信，中、美反應也不強烈，賴反而因發言坦率，讓綠營支持者大感振奮，連中間選民也不得不佩服他的勇氣，除在政治上又為己大大加分，也帶動蔡的滿意度持續反彈。反觀本想藉台獨議題挑起蔡、賴心結的國民黨，卻因黨籍立委問政功力太差，「質詢」變成「做球」，不但沒能「拆穿」蔡維持現狀政策的虛假；事後又因黨中央反對賴揆台獨論點態度消極，遭國台辦透過港媒點名批判「可能影響國共互信」。明明是黑狗（民進黨）偷吃，最後卻連白狗（國民黨）一同受過，也讓國民黨心中很不是滋味。一位熟悉兩岸事務的藍營人士則說，這只能怪藍委經驗嫩又不用功，才會讓賴清德在不利的戰場輕易脫困。尤其當日質詢賴的蔣萬安，還被黨內視為中興的希望，但他似乎對兩岸議題沒做足功課，明知賴揆首次備詢，為強化魄力形象，對提問多會勇於回應，蔣卻未把握良機，直接詢問賴最核心、最關鍵的問題──「兩岸關係是否為國與國關係？」著實令人扼腕。這位人士分析，蔡上台後雖強調依《中華民國憲法》及《兩岸人民關係條例》處理兩岸事務，卻從不回應對岸最關心的兩岸關係是何性質的提問，原因就是無論如何表述都有風險。若說兩岸是「國與國」關係，「維持現狀」承諾等同破功，也會升高兩岸緊張；但又不能講兩岸為「非國與國關係」，或學前總統陳水扁稱「依照《中華民國憲法》，一個中國原本不是問題」，以免激起綠營內部反彈。若蔣萬安能在賴連台獨都敢侃侃而談的情況下，成功誘使他講出兩岸是「國與國」或「國際」關係的真心話，就可讓蔡、賴立陷政治困境。蔡光為澄清已被端上檯面的「兩岸為國與國關係」爭議，就足以讓她進退失據。而賴一旦用最高行政首長身分脫口宣示「兩岸是國與國關係」後，不管在壓力下如何調整說詞，也只會給人暴衝、輕率的印象，絕對加不了分。更重要的是，蔡、賴蜜月期將提早結束，這對國民黨也是一大利多。 （相關報導： 台獨說遭蔡英文「說重話」？ 賴清德反駁：這是總統的信任 ｜ 更多文章 ）
沒能問清「兩岸是否國與國關係」
但沒想到蔣萬安質詢時竟只是輕描淡寫地問賴：「兩岸關係是情侶、夫妻、兄弟，還是朋友或其他關係？」這位藍營人士批評：「這樣的問法，擺明是放水，賴當然可以輕鬆閃躲。」果然，賴揆雖講出目前兩岸關係並不互相隸屬，但也一路順著蔣的詢問稱：「台灣應向對岸伸出友誼之手，兩岸可算是朋友關係。」更有趣的是，當蔣追問台灣與美日等其他國家也維持很好的友誼，兩岸關係是否和台灣與其他國家一樣，都是朋友關係？賴不僅沒回答，竟還微笑反問：「蔣委員，那你的高見呢？」遭突襲一時無措的蔣只好拉高聲調說：「院長，你不能反質詢，這是在閃躲問題。」
