國安會秘書長金溥聰上任後，視察情報局、警政署、海巡署及軍情局等多個情治及警政單位，引發外界質疑違憲擴權。馬英九總統3日公開力挺，強調金溥聰身為總統幕僚長，必須親自了解情況，「若不去會覺得他失職」，更希望他藉由親自視察，提供更多一手資料。
正在友邦薩爾瓦多訪問的馬英九，台北時間3日上午10點在下榻飯店舉行記者會，回答隨訪媒體提問。有媒體問到共同出席記者會的金溥聰，日前視察情治、警察等部門，是否有違憲濫權之疑，總統府發言人馬瑋國立即出面制止，指總統記者會不應問及國安會秘書長，記者只好轉而詢問馬英九，是否感到權力受到侵犯。
馬英九在回答提問時則表示，若看過《憲法增修條文》、《國安會組織法》及《國安局組織法》就很清楚，國安會秘書長當然是總統的秘書長，主管的業務不限於國防、外交及兩岸，其他國家的重要狀況「也是可以關心」，但大部分時間都被國防、外交及兩岸所佔，因此這些領域非常吃重。
對於視察前述單位引情爭議，馬英九說，秘書長若不去了解情況的話，「怎麼做我的幕僚長呢？」這是很關鍵的問題，不能只看這些機關提供的書面報告，自己還是要去了解。
馬英九說，金溥聰身為國安會秘書長，主管業務包括這些項目，若不親自去了解，提供的資訊可能是二手或三手的，「我會覺得他失職」，因為希望儘可能得到一手資料。他更進一步強調，金溥聰視察那些單位，不需要總統授權或示意，法律上規定得很清楚，「大家打開來看看就知道」。
對於金溥聰視察前述單位的必要性，馬英九也解釋，兩岸關係改善之後，中國每年有這麼多人來台灣，兩岸關係影響到國際關係，對國內安全等其他方面也有很多影響，都需要關心；從過去幾年的例子看來，中共對台工作做得非常積極，這幾年來他個人在不同場合也多次不斷向國安局強調，這方面的工作要加強。
