雖然馬政府宣稱自由經濟示範區是活絡台灣經濟的良藥，不過，民間在農產品、國際醫療、與高等教育方面卻頗有疑慮。台大經濟系榮譽教授、前經建會主委陳博志認為，自由化應該對所有產業，不能只做一部份，否則就不公平；馬政府說劃自經先行是為了避免衝擊，這是不對的說法，若不敢全面自由化，就應挑產業先做，而不是劃一個區，讓區內企業先得利。
陳博志說，自經區用免稅來吸引廠商投資，但這種做法很矛盾，如果自經區的條件有利於廠商投資，應該是廠商「購買門票」以取得進入設廠的資格，「怎麼會是政府給予免稅優惠？」他質疑，區內免稅將會對區外企業形成不公平競爭，甚至導致區外企業減產或關門。如此一來，整體國家利益並不會增加。
他進一步說，現有的自經區條例，並沒有說明廠商要如何取得進入自經區的資格，在沒有清楚規範的狀況下，就不是「法治」而是「人治」，因此特區經濟其實是「特權經濟示範區」。陳博志說，甚至有官員表示「要找到海外投資財源才能進入示範區」，這是更可怕的特權標準，一旦實施，自經區將形同租界。
陳博志也以農業加值為例指出，經過公聽會反映後，國發會修改條文，規定野生觀賞魚可以自由進口，但是「為什麼野生觀賞鳥不可以進口？」大家會合理懷疑，是某個廠商想要讓野生觀賞魚進口，而那個廠商比較有辦法，就把野生觀賞魚列進來；觀賞鳥出口量很大，但可能廠商沒有政商關係，所以就沒列入。
中研院研究員施俊吉在一場座談會中表示，沒有人反對經濟發展計畫，但是反對有問題的計畫。他以「國際健康為例」表示，經濟學人曾為文指出，國際醫療產業在東南亞國家很盛行，產值雖高，卻也產生很多問題，其中一項就是醫療階級化。
施俊吉說，台灣看到這個產業有高產值，就眼紅想投入，但其實國際醫療產業已經過度競爭。他以馬政府6年來所提出的經濟改善方案為例表示，沒有人會反對促進經濟發展的方案，但是「服貿以自由貿易之名，行中國化之實」，而自經區條例則是充滿問題，因此才讓大家再度站出來反對。
