總統蔡英文12日全程主持司法改革國是會議的總結會議，推動檢察體系改革的許多國是委員向蔡直言，法務部的改革方案並沒有如實反映分組會議的決議，包括檢察官的定位、法官與檢察官評鑑的問題等；他們呼籲蔡要注意，「魔鬼藏在細節裡」、「不要被院部（司法院、法務部）牽著鼻子走」，如果官員把檢察官群體的利益放在社會利益前面，她主導改革的決心和誠意將受到懷疑。此外，也有委員建議蔡，依《憲法》第44條的權限，定期召開司改的院際協調會。
主張「彰顯檢察官之司法官屬性」，張娟芬：法務部以立場代換結論
法務部在總結會議上，就國是會議分組會議的決議，提出一份改革方案與期程，其中，關於檢察官的定位，其陳述指出，「為彰顯檢察官之『司法官』屬性」，檢察官不再領取刑事案件辦案獎金，也不再被派任與檢察官無關的行政職。
長期關注檢察官職權行使及審檢分立議題的作家張娟芬、社團法人台灣社會福利總盟秘書長孫一信都對「為彰顯檢察官之『司法官』屬性」這句陳述，提出質疑。孫一信說，對於檢察官的定位，第3分組僅說，「目前檢察官仍具備司法官的屬性」，法務部的說法，明顯是「檢察官定位的保衛戰」。
張娟芬則說，法務部報告中的意思，「好像是我們已經確定檢察官是司法官，且有定論要朝向這個目標」；但第3分組的結論是說，在現行制度，檢察官仍具備「所謂司法官屬性」，這個說法只是「描述」檢察官的定位，沒有認定檢察官是司法官或行政官的價值判斷，且是「有所保留的描述」。
她指出，過去法務部及檢察官全力阻擋改革，是1999年司改國是會議至今，改革沒有進展的原因，而第3分組之所以自開會之始就劍拔弩張，就是因為檢察官定位的討論，當人民在分組會議上，極力穿越各種阻擋，來表示對這個議題的意見，法務部卻在報告中用「微妙的字句差異」，用法務部的立場來「代換結論」，這個「我不能接受」，簡單的說，「我們又被陰了」。
張娟芬：無意與檢察系統為敵，而是要建立公平法院
張娟芬說，他們討論檢察官定位的問題，並不是要與檢察官、檢察系統為敵或對立，而是要「建立公平法院」，長期以來法官與檢察官的角色高度混淆，他們接受同樣的考試訓練，可輪調、可在檢察官及法官論壇互相交流，有無數正式或私下的交流互通，「原告與被告如果不對等，怎麼可能有公平法院？」
律師尤伯祥指出，不只是法務部的報告，司法院提出的改革方案與期程也與各分組會議的決議「有一些距離」，例如第3分組委員突破官方的封鎖，達成法官與檢察官的評鑑將由人民直接申請，而不再需要經過司改會或律師公會過濾的決議，這個決議廣受好評，但都不在於司法院、法務部的改革方案中。
尤伯祥：司法院、法務部受本位主義限制，司改國是會議必須以總統的高度落實
尤伯祥說，這個現象就可以看出司法院、法務部都「受到本位主義的限制」，這也是司改國是會議必須要由總統的高度來落實的意義。 （相關報導： 司改會議總結》陳重言復出「確保」檢察官司法官定位不被翻案 張娟芬等7人離席抗議 ｜ 更多文章 ）
他呼籲蔡英文，絕對要「堅決貫徹司法改革」，外界批評她召集司改國是會議是干預司法，「這絕對不是」，司法是國家權力行使的方式，是政治制度的一環，總統受到人民的付託，從事政治制度的改革，符合人民的期待，不是擴權或干預司法，「請堅定信心」、「不要被院、部（司法院、法務部）牽著鼻子走」。
