馬英九總統援引憲法賦予之院際協調權，邀集立法院長王金平與行政院長江宜樺，共商化解佔領立院的「重大憲政危機」，不料遭王金平拒絕，會商因而破局。據透露，王金平在會議開始前35分鐘致電總統府，表示依憲法精神不出席的立場。經過馬英九二度電話詢問，王金平堅持「一肩扛起」解決危機之責，馬英九順勢表示尊重，「就讓王院長去解決吧」。
馬、王、江與副總統吳敦義的會商，原本預訂21日上午11時15分舉行；前一晚府方還對外證實，當馬英九致電王金平說明想法時，王金平欣然同意。不料在21日上午10點40分，府方突然接到王金平來電，表示不會出席會議，並將呈送信函給馬英九說明缺席理由。
5分鐘後，信函送到總統府，內容表示此次佔領立法院事件並非憲法界定的「院際爭議」，而是立法院審議法案引發的紛爭，應由其先行尋求朝野黨團共識。當時馬英九剛結束「經濟學人」的專訪，聽到幕僚報告此事，緊急親自致電王金平，希望說服王金平出席會議。
據了解，王金平在電話中向馬英九強調，立法院是合議制，自己「不能代表所有委員」；憲法44條規範的是「院際爭議」，但服貿協議是「立法院自己的問題」，理應由他先徵詢朝野黨團的意見，在國會內部溝通尋求共識，再與總統及行政部門討論較合適。
馬英九則回應，在尊重國會自治的原則下，行政部門當然不宜介入立法院內部的協調，但「有些事當面談才能即時討論」，仍希望王金平出席會議，與吳敦義、江宜樺等交換意見。
對馬英九的勸說，王金平在第一時間表示「會再考慮看看」，但直到11點30分仍未出現。馬英九顧慮吳、江二人在會中等候，請國民黨秘書長曾永權再致電王金平，王金平卻堅持不出席。
為了促成行政、立法面對面溝通，馬英九再次致電王金平，以「媒體會拿國民黨內部不和」作文章，發動溫情勸說，然而王金平仍堅拒出席會議。他更對馬英九保證，會協調出朝野共識，「請總統不必擔心」，他將一肩扛起解決此一危機的重任。
據轉述，面對王金平堅持獨力解決，馬英九決定順勢同意，表示尊重，「就讓王院長去解決吧」。
對於王金平在缺席會議後不久便發表聲明，強勢呼籲馬英九傾聽民意，相關人士雖不願明白做出權謀揣測，但透露馬英九既已向王表示行政部門願意與立法院共同面對，而王金平仍執意在立法院內處理，「只能由他負全部責任」。
