洪仲丘案後，軍法案件轉移司法機關審理，國防部軍法人員的運用成為一大問題，國防部表示，未來軍法人員以協助部隊處理刑事補償案件、求償訴訟和行政院軍事冤案申訴委員會案件等法律服務事項為主。
國防部法律事務司檢察處副處長金甌上校在記者會上表示，最高軍事法院暨檢察署軍法官38人編成北、南法律服務中心，處理刑事補償案件、求償訴訟和行政院軍事冤案申訴委員會案件等；高等以下軍事院檢軍法官約246人則編配到聯兵旅級以上部隊，處理司法聯繫、法律服務等事項。
另外，國防部經與司法院、法務部召開協調會、研討後，達成共識，預計移送160件審判案件、280件檢察案件（含通緝、執行等案件），收容人移轉有70人左右。國防部台南監獄和南、北軍事看守所裁撤，台南監獄和北部軍事守所移交法務部矯正署。
