臺灣民眾都知道蔣介石曾經強烈反對臺獨，但並不很清楚他為什麼這麼怕臺獨。原來，蔣介石把臺獨運動視為美國借刀殺人、推翻其政府的陰謀。
1964年9月20日，臺大政治系教授彭明敏與謝聰敏、魏廷朝三人因共同起草一份《臺灣自救運動宣言》被捕。該宣言認為「反攻大陸」絕對不可能，要求制定新憲法，建立責任政府，保障基本人權，實現真正民主，並以新國家身份加入聯合國。1965年2月三人被正式起訴，彭明敏被判八年有期徒刑；但是由於「大赦國際」等團體的奧援及美國的施壓，蔣介石於11月3日特赦彭明敏，但是彭明敏的生活仍受到特務的監控。期間，美國密西根大學也有意聘請彭明敏任教，但是因為中華民國政府阻撓而無法成行。
1970年1月2日，彭明敏在友人的協助下，從臺灣逃離至瑞典。彭明敏出逃後，蔣介石對此事自我反省「自二十五歲以來，經過無數憂患與恥辱，尤以對外之磨折扭絞，非使我國脈民命澈底消除而不止的美國政府，虛偽欺詐之玩耍，令人無法忍辱，已達極點。此乃自民國卅一年以來，史迪威、馬下兒（馬歇爾）以至今日尼克生等，是極盡人世所最難堪之一次也。」(1月31日記)同日又記「美國對華之陰謀所謂一中一臺之政策，其所謂一臺者乃要製造其臺灣人之臺灣，而非中華民國之臺灣也，此其非滅亡我國而不甘心之明證。」2月4日，蔣介石聽取蔣經國對彭明敏偷渡出境的報告，再記「對彭明敏逃亡由美國人為之，更證明美之由臺灣人成立臺灣獨立國，以毀滅我政府之陰謀為已也。」可見，蔣介石當時把臺獨運動看作是美國要毀滅中華民國政府的陰謀，因此，他指示外交官為防範彭明敏入境美國而大力交涉。
1970年1月底，美國國安會官員何志立向季辛吉報告，獲假釋的彭明敏脫逃到瑞典，可能會申請簽証到美國。何志立認為這是一個燙手山芋，如果批准簽証，蔣介石會認為這是對他個人的羞辱。蔣介石會把彭明敏簽証案與取消臺海例行巡邏、華沙會談、尼克森政府調整對中國政策，合併解讀，可能認為美國正在出賣他。接著，蔣會認為美國以臺灣人為基礎，尋求「一中一臺」的解決方式。但如果不給簽証，美國學界會對政府群起而攻。中華人民共和國看待彭明敏的簽証，可能也會疑心是美國搞「一中一臺」，他們不喜歡。這件事經過臺美雙方反覆交涉，到了9月16日，美方同時在華府及臺北告知中華民國駐美大使周書楷與外交部北美司司長錢復，美國決定發給彭明敏來美簽証，美方強調拒發簽證「於法無據」。9月21日，蔣介石指示周書楷直接向尼克森提出抗議，但尼克森不予理睬。 （相關報導： 汪浩觀點：蔣介石如何與蘇俄秘謀夾擊中國？ ｜ 更多文章 ）
1970年4月24日，蔣經國最後一次訪美，在步入紐約布拉薩飯店時，遭臺獨聯盟成員黃文雄、鄭自才行刺，幸經美方安全人員保護而脫險。蔣介石在日記中寫，蔣經國兒「甫入旅館，即為臺獨反動分子槍擊未中幸無恙，此乃美國之治安混亂無法之一，如此國家所謂民主自由者，其禍患不知如何持久矣。」7月11日，蔣介石在日記中寫道「謀刺經國之黃文雄，美國法院以其已繳十萬元之保證金即釋放，此乃美國對臺灣陰謀獨立與危害我父子之又一確證，是其非毀滅我國而不甘心也。」但蔣介石還是有自我反省的，並且體認到所謂的外交現實「美已視我為奴役，遺棄我於不顧，而且不斷以疏遠，顛覆之方法甚於共黨。此於彭明敏案足以證明之。外交必須能存保確立之力量，而後乃可左右逢源，不為人所束縛也。今日外交現實只有利害，而無道義與信約可言也。」(10月3日記)。
