金門在2015年5月爆出口蹄疫情，因此農委會防檢局在同年10月排除金門、以台灣本島、澎湖及馬祖向世界動物衛生組織（OIE）申請為「施打口蹄疫疫苗非疫區」。不過，農委會14日表示，此申請因有疫情的金門產品輸入台灣等因素而未獲通過，只能2017年9月再申請。
根據《中央社》報導，農委會動植物防疫檢疫局長張淑賢14日表示，由於去年5月金門發生口蹄疫疫情，為了保障當地業者，因此通過有條件輸入肉品到台灣本島，所以即使當初申請不包含金門，仍不符合世界動物衛生組織認定標準，未通過申請。
張淑賢說，當初因為台灣、澎湖、馬祖處於施打疫苗狀態下無疫情案例發生滿2年，所以向OIE提出申請。預計金門縣無疫情滿2年、即2017年9月，會再向OIE提出申請，屆時會申請台灣「全境」為「施打疫苗的口蹄疫非疫國」，再逐步朝向「不施打口蹄疫疫苗非疫區」終極目標邁進。
口蹄疫是牛和豬的一種非致命的病毒傳染病，它也可以感染鹿、山羊、綿羊和其它偶蹄動物，像是鼠和刺蝟，而馬和人類感染病例則非常少。口蹄疫在全球許多地區都曾發生，包括歐洲、非洲、亞洲和南美洲。另外，口蹄疫在動物間傳染快速，且偶蹄類的感染更為嚴重，死亡率高，常造成畜牧業重大損失。 （相關報導： 金門酒糟恐跨海偷渡病毒 口蹄疫侵台拉警報 ｜ 更多文章 ）
而台灣在1997年也曾爆發嚴重豬隻口蹄疫感染，甚至蔓延到全台20縣市，最後透過全面預防注射及撲殺病豬等方式，在4個月內撲殺300多萬頭豬隻，疫情才獲得控制。
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