教育部長葉俊榮24日下午宣佈「勉予同意」由管中閔擔任台大校長，在總統府與行政院方面表達，教育部相關決定並未事先告知，讓府院「措手不及」下，行政院長賴清德25日下午接見葉俊榮，並且火速同意葉俊榮辭呈，傍晚五點由行政院秘書長卓榮泰召開記者會，說明後續處理作為，卓表示，行政院在整個事件，完全尊重教育部基於權責做的任何決定，但「回報院長過程應該可以更謹慎」，他強調，教育部核定台大校長的公文，已經發給台大，行政院「看不到任何理由可以改變。」
葉俊榮今（25）日早上代表行政院，出席苗栗縣長交接典禮，中午回到台北後，賴清德在下午一點左右召見葉俊榮，卓榮泰表示，今天中午以後行政院院長與葉俊榮簡短講話，時間在接近今天下午一點鐘，葉俊榮一開始即提出書面辭呈，並且向賴揆表示，這次決定造成輿論討論，與各種不同意見的爭論，也讓行政團隊回應上造成困擾，為此表達抱歉，但葉重申，「基於教育部權責、台大學生權益與維持大學自主教育原則，做了這項決定。」
核定公文已發給台大 卓榮泰：看不到任何理由可以改變
卓榮泰表示，由於葉俊榮在辭呈中敘明，「為了處理台大校長遴選，擔起完全政治責任，從今天起辭去教育部長一職」，因此，賴揆在接到辭呈後，也在辭呈上簽下「勉予同意」四個字。
卓榮泰表示，台大校長遴選案，整個事件行政院完全尊重教育部基於權責，做的任何決定，「先前針對該案，院長與行政院內同仁都有一些考量，葉部長今天一早也說了心中感想，兩人見面也是為了談這件事，院長只對葉部長過去表現予以肯定。」
卓榮泰指出，葉俊榮今天向賴揆報告時表達，台大校長遴選案後續，教育部已行文台大，「既然這是教育部權責，就代表教育部基於權責做的決定，往後看不到任何理由可以改變狀況。」
卓榮泰：爭議在於決定時機
至於民進黨內部批評葉俊榮「抗命」？卓榮泰表示，行政院方面（針對台大校長遴選案）並沒有下達一個命令，要求葉俊榮執行，昨天整個過程的爭議，不在決定內容而在決定時機，「我個人認為，回報（行政院長）過程應該更嚴謹，院長決定同意辭呈，也是基於同樣的考慮」，卓表示，行政院長同意葉請辭案，是為了彰顯行政院在管理分工上，所要求的必要尊重。
至於卓榮泰昨天在臉書上批評葉「違反行政倫理」，卓則解釋，葉俊榮昨日召開記者會以前，回報行政院院長過程，應該可以更謹慎，雖然簡訊已是國人常用的溝通工具，但教育部「應該把審慎思考結果，再回報一次」。
卓榮泰強調，他昨天在臉書上發表內容，係「基於外界評論，我應該把事實真相適度還原，也就是（葉俊榮）通知（賴清德）過程，與12月11日發出公文，該案還在行政院訴願委員會的訴願程序。卓榮泰表示，教育部為何在這個時候進行台大校長核定，葉部長清楚說明他的想法，也負起政治責任，這個動作已經很清楚了。
