台灣面臨的第三個國際海洋法政問題是台灣海峽的法律地位與他國軍艦在此海域航行、軍機飛越，甚至進行與軍事演練相關活動之適法性。就有關海域之規範而言，台灣海峽內之水域包括了內水、領海、鄰接區，以及專屬經濟海域和大陸礁層。台灣海峽內並無公海。但在台灣海峽內兩岸所主張之專屬經濟海域，亦即台灣西岸向海十二海里領海外的海域，以及中國大陸福建、廣東領海基線向海的水域，公海的航行與飛越自由是比照適用。換言之，外國軍艦與軍機在台灣海峽兩岸領海外的海、空域，享有國際法所允許的航行與飛越自由。
外國軍艦有權通過台灣海峽內屬台灣之領海，但我國要求先報備。美國不接受此主張，認為軍艦行使無害通過無須取得沿海國事先同意或必須報備。至於外國的軍機，在台灣海峽兩側之領海上空並無飛越的權利。此外，就台灣海峽的法律地位而言，由於其寬度超過二十四海里，因此不是《公約》所界定「用於國際航行的海峽」。基此，外國軍機與軍艦在台灣海峽不享有過境通行權。
十月上旬，根據媒體引述美國國防部官員所做之報導，美國太平洋艦隊計畫於十一月選定一周在台灣海峽和南海舉行演習。由於台灣海峽大部分海域的法律地位是專屬經濟海域，美國在此海峽進行軍演勢必引發與中國大陸的嚴重爭議。台灣與南海問題涉及北京所稱「核心利益」，川普政府真的會在台灣海峽和南海搞軍演？究竟川普是為了因應國內有關美國軍艦在南海被中國大陸軍艦逼迫改變航向所引發國內輿論與壓力，以及美國期中選舉的考量，放出策略空砲彈？還是玩真的，有意加大力度挑戰北京威嚇台灣與南海軍事化的作為？美國期中選舉舉行前一周與後一周，美國海軍的動作是觀察重點。
第四個問題是中共解放軍軍艦與軍機航行、飛越台灣附近海域與空域的問題。由於北京堅持「一中原則」，而我國憲法和《臺灣地區與大陸地區人民關係條例》也認定兩岸同屬中華民國領土，因此，是否適用國際條約處理兩岸海洋問題，此有疑義。但就實際互動而言，中國大陸軍機與軍艦依據《公約》有關專屬經濟海域與公海相關規定是可以在台灣四周領海外界線外行使航行與飛越的自由。至於不穿越臺灣海峽中線附近海域或上空，此乃雙方避免引發關係緊張的政治默契，不是法律規定。大陸軍機與軍艦在航行與飛越時進行情報偵蒐活動，台灣無法禁止，只能進行跟監或干擾反制。
台灣所面臨的第五個國際海洋法政問題是海洋合作與共同開發的參與問題。東海與南海都是《公約》第九部分第122條所定義的半閉海。這兩個半閉海的沿海國有義務進行與海洋物資源管理、養護、勘探和開發、海洋環境保護、以及海洋科學研究相關事宜的合作。在東海，台灣、日本、美國及韓國曾在一九七零年代協商進行勘探開發油氣資源合作，但後來主要因為中國大陸的反對而喊停。2003年4月，台灣與日本就釣魚台列嶼附近雙方所主張專屬經濟海域內之海洋生物資源養護和合理利用，以及漁業作業秩序的維持簽署一份漁業協議。雖然自2012年開始，東海情勢緊張升高，但周邊國並未召開處理東海潛在衝突的多邊會議，也未見通過東海行為準則之提議。台灣片面提出「東海和平倡議」，中國大陸與日本曾經承諾將東海發展成為一個「和平、合作、友誼之海」。但至今，東海仍是亞太地區的衝突引爆點之一，而台灣一再表示不會與中國大陸在東海進行合作。
