新竹市長林智堅去年被爆論文涉抄襲，台大、中華兩學校碩士學位被撤銷，他的「論文門」事件，被認為對去年民進黨九合一大選造成重大負面影響。林智堅不服學位被撤銷提起訴願，但中華大學一案日前已被教育部駁回。林智堅今（14）日在臉書道歉表示，希望學倫紛擾就此停止，不會針對中華大學一案再進行行政訴訟，也撤回針對台灣大學學位的訴願。
林智堅的論文抄襲案，去年九合一大選後被認為造成了民進黨選情失利「一屍多敗」，然而前國安局長陳明通身為林智堅台大國發所碩士的指導教授，一路始終堅定為愛徒喊冤，今日仍透過律師發聲，認為林智堅的國發所同學、調查官余正煌的研究設計絕大部分來自林智堅當年論文計畫底稿，雖尊重林智堅撤回訴願的決定，但仍認為此舉會讓林智堅「含冤莫白」。
林智堅今晚在臉書發文表示，上周黨內中執會通過未來學術倫理的審議機制，他也做出以下決定，希望不要因為個人的因素，持續造成社會的紛擾，也對這陣子的紛擾向社會大眾致歉。
林智堅表示，關於兩所學校碩士學位的訴願，首先對中華大學一案，他尊重教育部訴願審議委員會的決議，後續也不再進行行政訴訟。另外，也同步做了以下決定。今天稍早已委由辦理訴願的律師，發文給教育部，撤回針對台灣大學學位的訴願，希望校方、老師、學生以及校友不再因此受到學術以外的干擾，讓校園環境回歸寧靜，也讓社會大眾的焦點回歸國家治理本體。
林智堅說，「這段期間的自我反省，也深刻感受社會大眾的期待，我自覺在職專班就學期間多有不足，論文寫作上也有瑕疵，我要再次向社會大眾表達我的歉意。」接下來的這段期間，無論是面對因選舉而起的官司訴訟，或是新竹市發展的議題討論，對他而言將是段轉為自我檢討以及自我進修的日子。
林智堅希望，一切公眾事務的討論回歸正軌，也回歸國家發展和城市治理的正題上，避免因他個人的問題，成為投身政治領域者的困擾，更不希望成為對手政黨持續攻擊民進黨的議題。
林智堅說，「我今年47歲，過去有22年的時間都投入在公共事務上，因緣際會進到了公共服務的領域，一路走來受到許多前輩的提攜、指教，並且在市民的支持之下，有機會為自己家鄉服務，我內心充滿無限的感謝，卸下市長的身份，面對接下來邁向人生的另一個階段，自覺仍有許多不足，未來我會持續精進學習。」
他最後表示，「最終，深切感受到，雙親年事已高，孩子也進入學習階段，我將花更多時間陪伴我的家人。特別感謝這一路以來默默支持和關心的朋友，也謝謝給予批評和指教的人，期盼這個紛擾能在這個決定後盡早落幕。」
