針對3億元風波 ，民進黨發言人鄭運鵬16日晚間，在 TVBS「少康戰情室」節目說，他認為，整件事就是台北市長柯文哲沒仔細聽清楚民進黨立院黨團總召集人柯建銘說法，整件事柯建銘最倒楣，公親變事主，他認為柯文哲應跟柯建銘道歉。
鄭運鵬於蘇貞昌任黨主席時任組織部主任，當時也曾參與民進黨和柯文哲的在野整合協商，柯文哲日前出庭承認消息來源，柯建銘也在立院開記者會，兩人說法出現出入時，鄭就在臉書貼文，指「三億男的事情，我相信柯牙醫的說法，對柯外科的說詞持保留。」
日前，民進黨中執會，柯建銘為避免影響當天黨主席蔡英文的總統提名案，刻意選擇缺席，但鄭運鹏及林俊憲等多位黨內幹部，私下都替柯建銘抱屈，但也坦言，怕公開出面替柯建銘講話，又得罪一面倒挺柯文哲，批柯建銘的「柯粉」及鄉民，不過鄭今晚間在節目上，明白呼籲柯文哲，應向柯建銘道歉。
去年大選，替柯文哲賣力助選的謝系立委李應元，昨天就上節目直言整件事是烏龍，強調柯建銘大選時確實盡力幫忙，也坦言柯文哲說話常跳躍，擁有民進黨發言人身分的鄭運鹏今晚則說，「柯文哲應公開跟柯總召說個抱歉，當初請你做這些事情，可能是自己失誤，害你惹上這場風波，這個柯市長要做啊！否則沒有受益人，只有受害人！」
鄭運鵬認為，3億的事情有新聞，若數字是對的，柯建銘不可能去找一個新聞說郭台銘什麼時候捐給台北市政府一個3億元的世博台北館，「這是掰不出來的嘛！」「所以我認為老柯沒有錯，但柯文哲可能電話打了也沒在聽，自己想講就講自己的，都有可能，所以造成一連串的誤會。」 （相關報導： 柯建銘：柯P誤解三億說 1月就曾指正他 ｜ 更多文章 ）
鄭運鹏還說，這兩年他在黨中央，常有機會和柯建銘共事，柯每每講起很多法案、議題，例如核四，都能從20年前往事，甚至時間幾月幾號，柯建銘有天生一流記憶力，也根本沒必要去害柯文哲，他認為可能真的柯文哲沒聽清楚柯建銘的說話，而柯文哲確實也有講電話，沒仔細聽的毛病。
