其實我會在參加蔡同榮所辦的公民投票大遊行之前被逮捕，除了是我自己疏忽大意之外，我猜測應該是由於他們調查人員有受到上級郝柏村的壓力，又加上這麼久的時間都抓不到我，所以他們就很用心的調查我們的習性與活動範圍，布下幾個我們可能會去的地方，進而守株待兔蹲點，有風聲的話機動組就馬上行動。那他們可能覺得我生活單純又喜歡讀書，因此應該是會喜歡去可以念書的雜誌型咖啡館，結局果真如此。
土城看守所生活
我被逮捕之後先被送到臺北市調查處，待的那個空間大概就一坪多一點，當時就有一批一批的調查員進來對我盤問，他們偵訊的態度基本上還算是不錯，只有一個人在偵訊的時候講話比較大聲，但我語氣還是很和緩的跟他說一些我非暴力抗爭的思想。我不知道我在那個空間實際待了多久，大概至少有兩個鐘頭左右吧？！當時電視新聞有播報，然後他們有拿一碗麵給我當晚餐吃。吃完一陣子之後，就再把我送到高等法院檢察署，但在高檢只有簡單問訊後，就送到土城看守所了。
在移送看守所的期間，因為要銬手銬，我為了不要被銬起來還跟他們談了20 幾分鐘，後來實在是沒辦法，我就跟他們說：「因為你們的職責是要銬我手銬，但是我也為了捍衛我的自由而堅決不被銬，要不然就折衷銬兩隻手銬，一隻手銬一付手銬，這樣你們對上級也有交代，而對我想捍衛自由的目的也達成」，這才真正達成共識。我記得我走出看守所的時候，就有很多媒體來報導，我還隱隱約約聽到有人對我說「李應元加油」的字句，我聽到之後覺得那些人真的很勇敢，而我彷彿得到鼓勵與信心一般，就這麼帶著微笑，對大家揮揮手並走進看守所。其實說真的，我當初在那個時代下參加臺獨運動，對於自己可能會被逮捕的事情，心中早就做好心理準備了，所以真的發生逮捕這件事並不會感到太過恐慌。
在看守所期間，有很多海內外的人都相當關心我，不管是宗教界、學術界、社運界或是政治界的親朋好友，像是陳水扁、葉菊蘭女士、吳新英教授與李鎮源院長，以及陳銘城、邱國禎與撰寫「老包專欄」的詹錫奎等人，當然還要感謝各行各業默默在背後支持聲援的人。當時我被抓去之後，我臺大公共衛生系的老師吳新英教授，當時年紀已經很老了，還特別拄著拐杖來看守所看我。此外，陳師孟和林山田等人也帶著李鎮源院長來看守所探望，並且拿著三、四十個人的簽名慰問卡給我。李鎮源院長是我讀臺大醫學院的院長，他來探監會面的時候，我對他說我記得李院長在開學第一天新生訓練的時候，曾經對我們這些新生說過要「對社會負責任」之類勉勵的話，通常學生都不怎麼愛聽臺上長官在講話，所以我跟李鎮源院長說這個往事之後，他聽了覺得很感動。在看守所的時候，李鎮源院長對我說，不管是民主還是人權觀念的種子，已經在他心中隱藏了四十多年了，在1950 年代的時候，他才剛出來社會工作不久，他的同學和朋友們像是許強等人都是很優秀的人，未來有著大好前途，但卻因為白色恐怖的關係而被槍決，所以他一直為此感到非常傷心與遺憾。後來李鎮源院長願意出來擔任廢除刑法一百條的總領隊，我相信一定有很多因素交錯觸發而起，但不知道是否主要與這個因素與談話內容有關，這已經有點無從考證，不過我後來再回想這整個過程，我認為1950 年代的這個案件過了這麼多年，他仍未忘記，在當時那個時機點也願意擔任「100 行動聯盟」的總領導，並於往後更持續參與推動民主與人權改革，或許是壓抑許久對白色恐怖、對人權侵害的不滿在那時迸發了出來。
