其實我沒有仔細想過，自己回到臺灣後到底多久會被國民黨抓到，只想到說一定要完成我想要達成的目標之後，再主動投案。況且當時國民黨政權不斷地說一定要緝捕我，對我灑下天羅地網。不過最後我竟可以和國民黨周旋了大概一年兩個月，除了我命大之外，當然也要感謝各位海內外親朋好友的協助，例如秋滿姨、林宗正牧師、陳明仁與陳婉真等人，他們都掩護過我一段時間，初期主要都是他們去做串聯介紹其他人來協助我，否則很多幫助我的人原本我都不熟，要不然就彼此根本不認識。此外，時任嘉義民進黨黨部的執行長吳溪瀨和劉先生（阿國）也先後當過我的司機，陪我全臺灣走透透，我還記得吳溪瀨在車上都會放〈回鄉的我〉這首歌，所以這首歌我到現在都相當會唱。另外，我是很後來才聽廖宜恩對我說，在我們這批「黑名單」人士回來之後，就很積極的籌組台灣教授協會，一來是想說讓這些從海外回來臺灣的年輕教授可以組成一個專業協會，二來也剛好藉由這樣的時機讓我加入會員，進而做一個聲援的動作。
在我回臺灣的期間，恰好先發生了獨台會事件，這案件發生的當下，親朋好友都以為我被抓了，但事實上我知道了這件事之後，仍按照自己的步驟在過生活，並沒有因此而改變我的行事作風。當時我的感覺是認為那個案件是國民黨故意羅織的，如果要抓史明本人的話，我們還可以稍微理解，雖然老先生他那時不在臺灣，但是卻無緣無故去逮捕清華大學的孩子，所以就此點而論，我覺得國民黨是藉著這個案件，策略性的來測試我們這些人的能耐，還有大眾對此議題的關注程度。
其實我本來就有想說自己總有一天會被逮捕，而且自己也決定在某個特定時間主動「從容就義」，所以才會預計策畫在1991年9 月8 日，蔡同榮所辦的公民投票大遊行中現身，我之所以會選擇那個時機現身然後入獄，第一是因為大遊行是一個大型的群眾運動，相同理想者可以藉此互相鼓勵交流，二來當年年底有選舉活動，也可以協助造勢聚集人氣。然而就在這策畫聯絡期間，大概是因為自己想說差不多要現身了，整個感覺都有些放鬆大意，所以我於9 月2 日在御書園等待朋友的消息時，看書回神之後，才發現我的旁邊已經坐滿了假扮情侶或學生等身分的調查人員，後來有一位調查人員就走向我並問說：「你是李應元先生嗎？」我聽到他問的這個問題之後，大概就知道他們是來逮捕我的人，所以也沒多做掙扎，等到他們確定我的身分完後，就把我的皮帶與眼鏡通通拔掉，三個人架著我到樓下坐公務車，大概是因為他們覺得我這個人抓一年多都抓不到，一定是有什麼功夫，然後最後終於抓到我而怕我脫逃，所以他們每一個人都氣喘吁吁顯得很緊張，於是我見狀就不疾不徐的對他們說：「別緊張，吃個口香糖吧！」總之，我就這樣被抓去臺北市調查處了。
