1963年7月，李光耀在倫敦與馬來亞東姑阿布都拉曼（Tunku Abdul Rahman）政府達成協議，新加坡與馬來亞、砂拉越以及北婆羅洲共組「馬來西亞聯邦」，完全脫離英國統治。
然而從建國伊始，李光耀和聯邦政府在種族議題上就格格不入。李光耀主張以「馬來西亞人的馬來西亞」的民族平等方式來取代「土著（馬來人）優先」的土著政策。人民行動黨與馬來人政黨「巫統」的鬥爭更在1964年兩度引發新加坡種族騷亂。
新加坡與馬來西亞的分合
1965年8月7日，東姑阿都拉曼以避免局勢惡化為由，宣布將華人居多的新加坡驅逐出聯邦。8月9日，巫統在國會緊急通過修憲，解除新加坡與馬來西亞的關係，新加坡「被迫」成為一個主權獨立國家。
獨立之初，面臨馬來西亞與印尼的兩面夾擊，面積僅約700平方公里的新加坡人心惶惶。但李光耀展現強而有力的領導風範，迅速安定局面，爭取國際地位，同年9月加入聯合國，10月加入大英國協，2年後協助成立東協。
同時李光耀全力推動經濟改革與發展，積極引進外資，開發東南亞最大的裕廊工業區、創立公積金制度、成立貪汙調查局，並推動教育改革。新加坡在30年內成為全世界最富裕繁榮的國家之一。
政治高壓、經濟繁榮
然而經濟高度發展的代價是政治的高壓威權。新加坡是典型的一黨專政國家，建國近半世紀，人民行動黨一直是唯一的執政黨，一院制國會始終不曾出現具備監督力量的反對黨。新加坡創造出一套獨特的「集選區」制度，確保人民行動黨只需60%得票率就可以囊括國會95%以上席次。
新加坡長期壓制言論自由，政府藉由持股控制該國兩大媒體集團，反對聲音也很難透過其他私人機構發聲。在「無國界記者」（RSF）等組織的新聞自由度排行榜上，新加坡向來被列為缺乏新聞自由的國家。新加坡政府經常控告批評它的外國媒體，或限制這些媒體在新加坡的發行。對於網際網路，新加坡也是嚴密管制監控，程度絕不遜於中國的「萬里防火牆」。
不難想見，新加坡當局對任何集會活動都非常關注，達到一定人數的戶外集會都須向警方備案。新加坡政府打擊政敵與異議人士從不手軟，內部安全局（ISD）擁有非常大的權力，殖民地時期留下來的《內部安全法》授權可在必要時無限期拘留任何可能威脅種族和諧與社會穩定的人士，並可在不經審訊的情況下羈押多年。
父子相傳 家族治國
1990年，67歲的李光耀辭去做了31年的總理職務，由吳作棟接任，但李光耀依然留任內閣資政，保持影響力。吳作棟做到2004年8月12日，由副總理李顯龍接任總理職位。李顯龍正是李光耀的長子，他的弟弟李顯揚曾任新加坡電信總裁，現任新加坡民航局主席；他的妻子何晶現任新加坡政府所屬淡馬錫控股公司（Temasek Holdings）執行長，掌管1770億美元的財富。
