台北市政府對大巨蛋的安全性疑慮甚深，成立「大巨蛋體檢專案小組」仔細檢視，預計在3月底完成安檢報告，不過，遠雄集團要想獲得專案小組的背書，恐怕不樂觀。大巨蛋於2011年6月29日取得北市府核發建照，柯市府團隊調閱前後由營建署、台灣建築中心和北市府建管處召開的相關審查會議紀錄和公文，赫然發現整個該案僅以7天時間通過防火避難安全性審查，並順利取得建照，是營建署和北市府聯手，中央、地方官員一起放水的結果。
柯市府團隊發現，攸關大巨蛋啟用後民眾逃生疏散安全關鍵的「建築物防火避難性能設計書」，2011年6月間可以順利通過，竟然是營建署、台灣建築中心只經過短短3個工作天的作業就火速放行，台北市政府再以2天時間，據內政部發出的認可通知書，未及細審，就由台北市長郝龍斌在2011年6月29日決行發給遠雄集團大巨蛋案建照。
調查發現，內政部營建署審查通過大巨蛋案的「建築物防火避難性能設計計畫書」，營建署和評定機構台灣建築中心前後共召開5次會議，營建署邀集署內審查委員、評定小組委員、台灣建築中心和內政部建築研究所等，從2008年1月首度召開計畫案的概要書審查會，歷經3次實質審查，於2011年1月11日召開第三次審查會做出決議，認定蛋型屋頂免設屋頂避難平台，但需改設置「暫時避難據點」方式，「原則可行」，但該部分的驗證業務指定「財團法人台灣建築中心」辦理。
營建署審查委員提多項缺失 半年毫無進展
不過，在營建署該次會議中，審查委員對大巨蛋案的「暫時避難據點」設置在地下層空間疑慮甚深，且規劃民眾步行至避難據點的距離過長，部分動線也不連貫。
審查會議紀錄中，委員們多質疑，暫時避難據點為封閉式空間，「硬設在地下層，地下密閉空間的避難民眾可能會跑不出來」，歐洲許多隧道原設置避難據點，但後來實際使用發現根本無法避難逃生；而且大巨蛋將暫時避難空間據點設在地下層，這些空間「只有進，沒有出」，「只是把人推進去，等火災控制再把人放出來，對被安置的人會產生心理恐慌」；人員進去後要停留多久？要用什麼方法救援？甚至有委員認為大巨蛋案的暫時避難據點設置位置不平衡，「低樓層收容人數較多，但暫時避難據點面積較小，高樓層則相反」，這樣的估算和設計有問題。
遠雄修正暫時避難據點設計 仍有安全疑慮
整個大巨蛋案的營建署審查至此暫告一段落，長達半年沒有進展，直至台北市議會的最後通牒時限將屆，要求遠雄必須在2011年7月2日前依契約取得建照，否則解約，攸關大巨蛋案能否取得建照的「建築物防火避難性能設計案」審查作業突然在6月底開始動了起來。營建署指定做出驗證評定書的「台灣建築中心」在同年6月23日召開專案評定小組第一次審查會議，此次遠雄在大巨 蛋案的「暫時避難據點」設置地下層設計做了重大改變，改以增設地上2及4層連通陽台的方式，做為避難據點，以提昇大巨蛋的避難安全性。
會議紀錄顯示，與會專家質疑，做為地上2層避難據點的棒球場外野區後方通道上，有數根結構柱，使通道寬度縮小，樓梯牆突出，影響民眾避難通行，結構柱涉及大巨蛋建築根本結構，且外野側的暫時避難據點仍無法連接避難樓梯，民眾逃生時該如何抵達？審查委員為此要求遠雄改善。
